Spowodowały to trzy czynniki. Powodem 48 proc. zniszczeń są bardzo silne tropikalne cyklony — od 1985 roku przez rafę przewaliły się 34 takie kataklizmy. 42 proc. szkód spowodowanych jest nadmiernym rozrostem populacji rozgwiazd z gatunku Acanthaster purpre, popularnie nazywanych koronami cierniowymi, pożerają one polipy koralowców. Trzeci powód to tzw. bielenie rafy, obumieranie koralowców, przyczyną tej choroby jest globalne ocieplenie.
Co gorsza, prawdopodobnie degradacja rafy będzie następowała w podobnym tempie, dlatego do 2022 roku zniknie połowa z istniejących obecnie podwodnych łąk.
Do takich wniosków doszli naukowcy z Australijskiego Instytutu Nauk o Morzu (Australian Institute of Marine Science) oraz z Uniwersytetu w Wollongong w stanie Nowa Południowa Walia. Wiadomość o tym zamieszcza amerykańskie pismo „Proceedings of the National Academy of Science".
Od 1981 roku Wielka Rafa Koralowa znajduje sie na liście światowego dziedzictwa UNESCO. Ogółem zajmuje ona powierzchnię 345 tys. km. kw. Składa się na nią ponad 3 tys. pojedynczych raf i 900 wysepek. W obrębie tej struktury, która sięga 500 m pod powierzchnię oceanu, egzystuje 400 gatunków koralowców, 1500 gatunków ryb, 4000 gatunków mięczaków.