Paweł Machcewicz opublikował ostrą krytykę pracy „Po Zagładzie. Stosunki polsko-żydowskie 1944 – 1947” pióra Marka Jana Chodakiewicza. Nazwał ją książką „jednostronną, pełną błędów i manipulacji”. Całość podsumował retorycznym raczej pytaniem, jaki jest cel wydawania takich prac przez IPN („Gazeta Wyborcza”, 18 stycznia 2008 r.) Odpowiedź wydaje się dość oczywista: to jedyna poważniejsza monografia stosunków polsko-żydowskich tego okresu. A ponieważ była dostępna jedynie po angielsku, warto było, by fakty opisane przez Chodakiewicza poznali także Polacy.
Jak każda praca naukowa zawiera ona usterki – zrozumiałe tym bardziej, że jest pionierska. Trzeba je weryfikować, uściślać i o nich dyskutować. Bo książka Chodakiewicza jest pracą naukową przekazującą ogromną wiedzę faktograficzną. Jej podstawą jest obszerna baza źródłowa. To zupełnie inny poziom dyskusji niż ta nad „Strachem” Jana Tomasza Grossa, składającym się głównie z braku wiedzy i widocznych gołym okiem manipulacji.
Paweł Machcewicz w stosunku do „Strachu” stosuje afirmatywną elegancję. Wobec naukowej pracy Chodakiewicza używa głównie inwektyw
Gross widzi rzeczywistość jako powszechny polski spisek zorganizowany po to, by wymordować Żydów i pozbawić ich majątku. Chodakiewicz opisuje fakty. Takie jak ten, gdy po wojnie Żydzi bez większych problemów odzyskiwali mienie na drodze sądowej. Albo opisuje wsparcie, jakiego polscy chrześcijanie udzielili Hanie Kotlarz chcącej odzyskać tartak w Lipie. A wieś ta leżała na Lubelszczyźnie, w okolicy mocno wspierającej konspirację narodową, czyli – jak powiedziałby Gross – „katoendeków”. Na podobnej zasadzie faktografia podawana w pracy „Po Zagładzie” w niwecz obraca główne tezy „Strachu”. We wstępie do książki jeden z najbardziej cenionych polskich historyków prof. Wojciech Roszkowski pisze: „Chodakiewicz cytuje różne źródła – polskie, żydowskie i sowieckie – próbując zrozumieć okoliczności i zważyć argumenty. (…) Dzięki temu Chodakiewicz przyczynia się w dużym stopniu do przezwyciężenia uproszczeń, schematów i uprzedzeń. Jest rzeczą oczywistą, iż czytelnicy tej książki mogą mieć własny pogląd na sprawę. Jednak odłóżmy na chwile aprioryczne stereotypy, zapomnijmy o „polskim antysemityzmie” i „żydokomunie” jako o archetypach, które mają wytłumaczyć wszystkie zdarzenia. Pozwólmy się prowadzić Chodakiewiczowi przez próbę zbadania prawdziwego charakteru skomplikowanych i bolesnych stosunków pomiędzy Polakami a Żydami…” (s. 9). Roszkowski proponuje więc, by dać Chodakiewiczowi szansę zaprezentowania wyników swoich badań i wyłożenia racji. Widzi przy tym możliwość polemiki, bo swobodna dyskusja jest gwarantem postępu i wiarygodności nauki.
Paweł Machcewicz ma jednak na temat pracy Chodakiewicza inne zdanie. Książka mu się nie podoba, a więc IPN nie powinien jej drukować. Trudno zgodzić się z takim stanowiskiem. Wszak popularyzacja badań naukowych jest jednym z ważniejszych zadań tej instytucji. Także książek kontrowersyjnych, a przede wszystkim takich, które wzbogacają publiczny dyskurs naukowy. Trzeba się więc cieszyć, że opinii Machcewicza nie podzieliły władze instytutu.