W Mission Support Area Lockheed Martin — centrum kontroli zapanował słodko — gorzki nastrój. — To tak jakby powiedzieć przyjacielowi „żegnaj" — powiedział Allan Cheuvront, menedżer programu, który opracowywał misję od 1996 roku, kiedy sonda była jeszcze w stadium budowy.
— To był wspaniały statek — powiedział Cheuvront. — Wszystko co zaplanowaliśmy wykonywał znakomicie. Sandy Freund Kasper jednym kliknięciem myszy wydał sondzie polecenie spalenia resztek paliwa. 42 minuty później — tyle czasu potrzebowała komenda aby dotrzeć do oddalonej o 150 mln kilometrów sondy i z powrotem — na ekranie komputera pojawiło się komunikat potwierdzający wykonanie zadania. Bez paliwa Stardust stracił łączność po 40 minutach. Nie miał już możliwości utrzymywania takiej pozycji aby anteny były skierowane w kierunku Ziemi.
Jeszcze przed utratą kontaktu jednym z ostatnich poleceń było uśpienie systemów sondy. Jeśli nic nie zakłóciło tego procesu, sonda została całkowicie wyłączona półtorej godziny po zerwaniu łączności. Bez paliwa sonda nie może także utrzymywać paneli baterii słonecznych skierowanych w stronę Słońca. W związku z tym pewnego dnia zostanie bez zasilania. Aparat pozostanie na orbicie Słońca.
Naukowcy obliczyli, że w ciągu najbliższych 100 lat sonda na pewno nie dostanie się bliżej orbity Ziemi niż 2,7 mln kilometrów i 20 mln km od orbity Marsa. Wystrzelona w kosmos w 1999 roku, kosztem 300 mln dolarów, sonda Stardust w 2002 roku przeleciała w pobliżu planetoidy 5535 Annefrank, w 2004 roku przemknęła przez warkocz komety Wild 2 i zebrała próbki pyłu.
Swe główne zadanie zakończyła w roku 2006, kiedy wysłała na Ziemię, w specjalnym kontenerze, próbki komety Wild 2. Kosztem dodatkowych 29 mln dolarów NASA skierowała sondę na spotkanie z kometą Tempel 1, odwiedzoną w 2005 roku przez inny pojazd - Deep Impact. 14 lutego Stardust zbliżył się do komety i zrobił zdjęcia blizny pozostawionej na powierzchni przez specjalny element sondy Deep Impact tzw. impaktor, który uderzył w kometę.
