Wyszyński obejmował przywództwo nad polskim Kościołem w czasie, gdy cały blok sowiecki wchodził w apogeum stalinizmu, a Kościół katolicki był obiektem brutalnych represji. 26 grudnia 1948 roku na Węgrzech aresztowano prymasa Józsefa Bodzentyńskiego. Na początku 1949 roku do więzienia trafił prymas Czechosłowacji kardynał Josef Beran. Kościół katolicki w imperium Stalina zaczęto wtedy nazywać Kościołem milczenia.
Na zalety Wyszyńskiego, wcześniej biskupa lubelskiego, uwagę Rzymu zwrócił poprzedni prymas August Hlond, który zmarł 22 października 1948 r. Według wielu relacji, wśród kandydatów na następcę prymasa Hlonda największe szanse miał biskup łomżyński Stanisław Kostka Łukomski. Jednak 28 października, wracając z Warszawy z pogrzebu prymasa Hlonda, biskup Łukomski zginął w wypadku samochodowym. Niejasne okoliczności tej katastrofy wywołały podejrzenia, że była ona skutkiem sabotażu dokonanego przez Urząd Bezpieczeństwa.
W tej sytuacji wybór padł na Stefana Wyszyńskiego. Hierarchę jak na ówczesne standardy młodego, bo zaledwie 47-letniego. Jednak Rzym zaufał pozytywnym opiniom prymasa Hlonda oraz sławie Wyszyńskiego jako społecznika
– przedwojennego opiekuna chrześcijańskich związków zawodowych we Włocławku. Można też przypuszczać, że już wówczas Stolica Apostolska liczyła się z możliwością aresztowania prymasa Polski. Starano się zatem nominować biskupa młodego, którego – choćby z racji kondycji fizycznej – komunistycznej bezpiece trudniej będzie złamać.
Nowy prymas nie zawiódł oczekiwań Piusa XII. Gdy pięć lat później do jego siedziby w Warszawie przy ulicy Miodowej zapukała ekipa UB, aby dokonać aresztowania, Wyszyński przyjął to z całkowitym spokojem. Wierzył, że z akcji komunistycznych władz Kościół polski wyjdzie wewnętrznie wzmocniony. Co więcej, miał zupełną rację.
