30 marca 2006 r. spółka wystąpiła do urzędu skarbowego z wnioskiem o interpretację prawa podatkowego. Urząd wydał dwa postanowienia dotyczące dwóch pytań spółki. Doręczono je 5 lipca 2006 r. Organ uznał, że stanowisko spółki było nieprawidłowe. Izba skarbowa dwoma decyzjami z 15 stycznia 2006 r. utrzymała w mocy jego rozstrzygnięcia.
Spółka wniosła skargę do WSA w Warszawie. Zarzucała naruszenie art. 14b § 3 ordynacji podatkowej (op), argumentując, że organ I instancji przekroczył trzymiesięczny termin na wydanie interpretacji.
Sąd przyznał spółce rację. Stwierdził, że nie może merytorycznie wypowiedzieć się co do istoty sprawy. Uznał za uzasadniony zarzut naruszenia przez organy podatkowe art. 14b § 3 op. Przepis ten mówi, że w razie niewydania przez organ postanowienia interpretacyjnego w terminie trzech miesięcy od dnia otrzymania wniosku o udzielenie interpretacji uznaje się, że organ jest związany stanowiskiem podatnika, płatnika lub inkasenta zawartym we wniosku.
W tej sprawie wniosek spółka złożyła 30 marca 2006 r., natomiast postanowienie doręczono jej skutecznie 5 lipca 2006 r. Przekroczono tym samym termin trzech miesięcy. Oznacza to, że organ jest związany co do meritum stanowiskiem podatnika.
Sąd wskazał, że izba skarbowa rozpatrując zażalenie na to postanowienie, powinna była je uchylić, albowiem wiążące było dla niej stanowisko podatnika. Organ odwoławczy mógł jedynie skorzystać z art. 14b § 5 op (odpowiednie stosowanie tego przepisu w razie przekroczenia terminu przewiduje art. 14b § 3 op). A więc mógł zmienić albo uchylić postanowienie, tylko jeżeli uznałby, że zażalenie wniesione przez podatnika zasługuje na uwzględnienie, albo jeżeli stwierdziłby, że doszło do rażącego naruszenia prawa. Żadna z tych sytuacji w tej sprawie nie wchodziła w grę.
