Interpretacje indywidualne wydawane w imieniu ministra finansów przez dyrektorów pięciu izb skarbowych podlegają kontroli sądowej. Podatnik bowiem po odmowie usunięcia naruszenia prawa ze strony wydającego interpretację może wnieść skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego.
Rozstrzygnięcie tego sądu może podlegać zaskarżeniu do Naczelnego Sądu Administracyjnego zarówno przez podmiot, którego interpretacja dotyczy, jak i przez wydającego interpretację. Można mieć wątpliwości, czy prawodawca nie poszedł za daleko, zrównując typową działalność sądu administracyjnego orzekającego o zgodności z prawem decyzji administracyjnej z sądową kontrolą indywidualnej interpretacji prawa podatkowego.
Sąd nie rozstrzyga tu bowiem o zgodności z prawem obciążeń podatkowych, co jest jego klasyczną funkcją, lecz staje się w rzeczywistości podmiotem włączonym do procesu interpretacji prawa, rozstrzygającym ostatecznie w II instancji o jej losach.
Tymczasem sądy administracyjne, według pierwotnych założeń, miały badać zgodność interpretacji z prawem jedynie pod względem formalnym. Wobec braku w rzeczywistości instancji odwoławczej sądy muszą merytorycznie rozstrzygać spory o interpretacje indywidualne kosztem swej normalnej działalności, co jest niepokojące, biorąc pod uwagę stale wzrastają liczbę tych sporów (w 2010 r. było ich około 2,4 tys., podczas gdy w 2008 r. około 1,3 tys.).
Wykładnia prawa, której dokonuje sąd, realizowana jest – inaczej niż klasyczna wykładnia operatywna – jedynie z punktu widzenia stanu faktycznego przedstawionego we wniosku, który nie może być zmieniany ani przez podmiot wydający interpretację, ani przez sąd. W rezultacie, jeżeli wystąpi odmienność stanu faktycznego w stosunku do ujętego we wniosku, a ustalona zostanie przez organ administracji lub sąd rozpatrujący obciążenie podatkowe w normalnym postępowaniu administracyjnym lub sądowym, interpretacja przyjęta nawet przez Naczelny Sąd Administracyjny nie będzie mogła w dostatecznym stopniu chronić podatnika.
