Obecnie kontrole te są prowadzone na podstawie [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=169569]ustawy o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie[/link] oraz zarządzenia ministra pracy i polityki społecznej. Ta wewnętrzna regulacja nie ma jednak mocy powszechnie obowiązującej i nie wiąże stron postępowania. Dlatego minister wyda rozporządzenie w sprawie przeprowadzania kontroli organizacji pożytku publicznego.
Z projektu tego aktu wynika, że przeprowadzenie kontroli zarządzi minister pracy i polityki społecznej, ale będzie mógł powierzyć ją innemu ministrowi albo wojewodzie.
Organizacje będą kontrolowane według rocznych planów, a także doraźnie – na podstawie skarg i wniosków oraz jako badanie realizacji zaleceń pokontrolnych.
W razie ujawnienia okoliczności wskazujących na popełnienie przestępstwa lub wykroczenia (także skarbowych) kontrolujący niezwłocznie poinformuje o tym zarządzającego kontrolę.
Więzy rodzinne lub okoliczności mogące wywoływać wątpliwości co do bezstronności kontrolującego staną się przyczyną wyłączenia kontrolującego. Decyzję w tej sprawie – z urzędu lub na wniosek organizacji pożytku publicznego – podejmie minister lub wojewoda.
