W każdym filmie reżyser powołuje do życia świat, w którym cudowność miesza się z ludową religijnością, realizm z magią. Jest jak w baśniowej krainie.
Coś się jednak w twórczości Kolskiego zmieniło. W nakręconym wcześniej „Jasminum” bawił się własnym stylem. Stawiając pytania o istotę wiary, kina i miłości, udzielał żartobliwych odpowiedzi. Tamten film wydawał się lekki, zwiewny, pogodny. „Afonię i pszczoły” przepełnia cierpienie.
Jest 1953 rok. Mała stacyjka kolejowa. Nieczynne tory, dookoła pola, łąki i pasieki. Tu mieszka Afonia (Grażyna Błęcka-Kolska), która opiekuje się sparaliżowanym po wypadku mężem Rafałem (Mariusz Saniternik), byłym mistrzem zapasów. Ich życie płynie ustalonym rytmem. Przywiązanie wyparło uczucie.
Rafał mozolnie kreśli projekty różnych dziwacznych maszyn. Afonia nie rozstaje się z kamerą. Filmowanie wydaje się jej takim samym rytuałem jak chodzenie do kościoła i modlitwa.
W poukładaną codzienność wedrze się ktoś trzeci – oficer armii radzieckiej (Andriej Biełanow). Tajemniczy Rosjanin, świetny zapaśnik ze szkoły kadetów, przybywa na stacyjkę, by poznać sekretne chwyty Rafała. Nieoczekiwanie między nim a Afonią zrodzi się romans.