Wbrew pozorom nie jest to jednak antyklerykalne studium pedofilii. Choć punktem wyjścia jest miłość księdza-dyrektora szkoły do małoletniego ucznia, zderzona z jego homoseksualnym uczuciem do kolegi. Ale to nie ksiądz nauczył ich odmiennej miłości, chłopcy sami wpadli na to wcześniej. Winą księdza, wypomnianą mu po latach przez dawnego wychowanka przeistoczonego w drag queen, jest to, że ich rozdzielił, że wykorzystał swą władzę do zabicia świeżo narodzonej miłości. Choć skierowaną do przedstawiciela tej samej płci, ale jednak niewinną. I nieważne, że duchowny zrobił to po prostu z zazdrości.
Akcja rozgrywa się na kilku planach czasowych: na początku lat 60., w 1977 i 1980 r. Ale piętra narracji nakładają się na siebie. Współczesność miesza się ze wspomnieniami, do tego znaczna część jest filmem w filmie. Almodóvar nie ułatwia widzowi życia. Nic nie jest takie, jakim się na początku wydaje. Jak to ma w zwyczaju mistrzowsko mnoży pozorne nieprawdopodobieństwa, piętrzy poziomy fikcji, przebiera bohaterów w kolejne kostiumy, zmienia ich tożsamości, płcie, społeczne funkcje. Główny aktor, Meksykanin Gael Garcia Bernal, gra aż trzy role: dwóch mężczyzn i jednego transwestyty, księdza-dyrektora gra dwóch zupełnie do siebie niepodobnych aktorów.
Świat Almodóvara w „Złym wychowaniu” to męski świat bez kobiet (w epizodzie pojawia się tylko matka). Wszystko, co ważne i piękne w życiu, mężczyźni znajdują w swoim kręgu.
