Tak jak w innych przypadkach konieczny jest wniosek. To specjalny formularz, którego wzór określił minister finansów. Podatnik może upewniać się tylko w swojej sprawie. Za to można pytać nie tylko o sytuację, która już zaistniała, ale także o zdarzenia przyszłe.
Co do zasady procedura podatkowa określa także, o co pytać nie można. Na liście tej są m.in. przepisy prawa podatkowego regulujące właściwość, uprawnienia i obowiązki fiskusa. To, kiedy fiskus nie musi odpowiadać, wywołuje jednak wiele sporów. Dlatego w takiej sytuacji nie warto zbyt pochopnie składać broni i zaskarżać milczenie fiskusa do sądu administracyjnego.
Osoba, która składa wniosek, ma obowiązek wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego oraz do przedstawienia własnego stanowiska co do ich oceny prawnej. Inaczej mówiąc, we wniosku należy opisać, o jaką sytuację chodzi, jakie są nasze wątpliwości oraz jaka w naszej ocenie jest prawidłowa odpowiedź. Opis powinien być zgodny z rzeczywistością. To bardzo ważne, bo jeśli kiedyś okaże się, że to, o co pytał podatnik, różni się od tego, co faktycznie miało miejsce, to nie będzie mógł skorzystać z ochrony prawnej, jaką daje interpretacja.
Wniosek o interpretację podlega opłacie w wysokości 40 zł za każdy stan faktyczny. Należy ją uiścić w terminie siedmiu dni od jego złożenia. Fiskus – także ten samorządowy – ma na jej wydanie maksymalnie trzy miesiące. Jeśli się spóźni, to do obiegu trafi tzw. milcząca interpretacja, czyli domniemanie, że fiskus potwierdził stanowisko podatnika.
Podatnik niezadowolony z interpretacji ma prawo ją zaskarżyć i to bezpośrednio do sądu. Od 1 czerwca 2017 r. nie musi już przedtem wzywać fiskusa do usunięcia naruszenia prawa. Skargę na indywidualną interpretację wnosi się do właściwego (lokalnego) wojewódzkiego sądu administracyjnego, ale za pośrednictwem fiskusa, który ją wydał, w ciągu 30 dni od jej doręczenia. Co do zasady skargę do WSA, czyli sądu administracyjnego pierwszej instancji, można złożyć bez pomocy prawnika. Przy zaskarżaniu interpretacji podatkowych jest jednak jeden haczyk: WSA jest w tym przypadku związany granicami skargi. Mówiąc najprościej, sąd zajmie się tylko tym, co podatnik napisze w skardze. Sam nie kiwnie palcem, nie będzie szukał innych błędów, podstaw do uchylenia itd., tak jak to się dzieje w przypadku innych spraw. Warto zatem rozważyć, czy w pomoc w sporządzeniu skargi nie zaangażować profesjonalisty. Wpis od skargi na interpretację wynosi 200 zł. Od wyroku WSA podatnikowi niezadowolonemu z rozstrzygnięcia przysługuje jeszcze skarga kasacyjna do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
