Na wieść o powołaniu Frontu Islamskiego amerykańskie agencje wywiadu zaczęły nieco bardziej się interesować Ajmanem az-Zawahirim i jego organizacją, która wciąż zachowywała odrębność od Al-Kaidy, choć była z nią blisko sprzymierzona. W lipcu 1998 r. sprzed restauracji w Baku w Azerbejdżanie zostali porwani przez agentów CIA dwaj członkowie Al-Dżihadu, w tym Ahmad Salama Mabruk, który był najbardziej zaufanym człowiekiem Zawahiriego. Agenci skopiowali dane z jego laptopa, zawierającego między innymi schemat struktur organizacyjnych Al-Kaidy oraz spis wszystkich członków Al-Dżihadu w Europie, który Daniel Coleman nazwał kamieniem z Rosetty, czyli kluczem do rozpracowania Al-Kaidy. Funkcjonariusze CIA odmówili jednak przekazania tej listy kolegom z FBI.
Klejnoty koronne CIA
Był to typowy akt bezsensownej, biurokratycznej złej woli. Właśnie przez tego rodzaju przeszkody wszelkie działania antyterrorystyczne obu organizacji od samego początku były skazane na porażkę. Sytuację pogarszała osobista niechęć do Johna O'Neilla (specjalny agent FBI odpowiedzialny za bezpieczeństwo narodowe - red.) ze strony kilku wysoko postawionych agentów CIA, w tym samego Michaela Scheuera (szef zespołu ds. Osamy bin Ladena w CIA - red.) . Przeceniając wagę informacji samych w sobie, Centralna Agencja Wywiadowcza stała się czymś w rodzaju czarnej dziury, z której nic, co do niej wpadło, już się nie wydostawało – chyba że ktoś wydobył to stamtąd, posługując się jakąś potężną siłą, większą od grawitacji. Agenci CIA doskonale wiedzieli, że John O'Neill taką właśnie siłą dysponuje i że zdobyte przez niego informacje posłużyłyby do wydania aktu oskarżenia i przeprowadzenia publicznego procesu – a wówczas posiadane przez nich dokumenty nie byłyby już tajne, nie stanowiłyby tajemnic wywiadu, tylko zostałyby zwykłymi dowodami w sprawie, a potem trafiły do mediów i stały się dla celów wywiadowczych bezużyteczne. W CIA traktowano ujawnienie byle strzępu zdobytych przez agentów informacji jako porażkę, w związku z czym tajemnic laptopa Mabruka strzeżono niczym klejnotów koronnych. Zdobycie tak cennych danych nie należało do łatwych zadań, ale jeszcze trudniej było sensownie je wykorzystać, gdy się już miało do nich dostęp. Z powodu zaś wieloletnich cięć kadrowych w sektorze wywiadu w CIA pracowało wówczas zaledwie dwa tysiące czynnych agentów (czyli szpiegów), mających prowadzić działania na całym świecie.
John O'Neill tak się wściekł, że wysłał do Azerbejdżanu jednego ze swoich ludzi, który wystąpił do samego prezydenta kraju z żądaniem zapewnienia dostępu do zarekwirowanego komputera. Gdy akcja ta nie przyniosła efektów, O'Neill poprosił prezydenta Billa Clintona o osobiste wstawiennictwo. Ostatecznie komputer trafił w końcu w ręce agentów FBI, lecz animozje pomiędzy pracownikami obu organizacji nadal się utrzymywały i stanowiły sporą przeszkodę w ich staraniach, żeby rozpracować sieć Al-Kaidy.
Następnie agenci CIA wzięli się za kolejną komórkę Al-Dżihadu, tym razem zlokalizowaną w albańskiej Tiranie. Założył ją tam jeszcze na początku lat dziewięćdziesiątych Muhammad az-Zawahiri, brat Ajmana. Albańscy agenci pod kierownictwem CIA porwali pięciu egipskich członków organizacji, zawiązali im oczy i przez kilka dni ich przesłuchiwali, a następnie wysłali do Kairu, gdzie poddano ich torturom i osądzono wraz z ponad setką innych osób podejrzewanych o terroryzm. Brutalne przesłuchania przyniosły efekt w postaci zeznań liczących dwadzieścia tysięcy stron. Obaj bracia Zawahiri otrzymali wyroki śmierci in absentia.
6 sierpnia 1998 roku, w miesiąc po rozbiciu albańskiej komórki organizacji, Ajman az-Zawahiri wysłał do londyńskiej gazety „Al-Hajat" następujące oświadczenie: „Chcielibyśmy w zwięzłych słowach powiedzieć Amerykanom, że ich przekaz do nas trafił, a obecnie przygotowujemy dla nich odpowiedź i mamy nadzieję, że uważnie się z nią zapoznają, ponieważ z Bożą pomocą zamierzamy ją napisać językiem dla nich zrozumiałym".