Podstawą do zwolnienia prof. Chazana ze stanowiska dyrektora Szpitala im. Świętej Rodziny miała być negatywna ocena jego postępowania. Kontrola przeprowadzona na polecenie stołecznego ratusza miała potwierdzić, że powołując się na klauzulę sumienia, odmówił wykonania w szpitalu aborcji, choć były do tego wskazania medyczne wynikające z wad genetycznych płodu. Miał także nie wskazać 38-letniej pacjentce innego lekarza lub placówki, gdzie można zabieg wykonać, choć zobowiązywały go do tego przepisy. Przedłużające się postępowanie i brak wymaganej przez przepisy informacji spowodowały, że nie można już było przeprowadzić zabiegu przerwania ciąży. Dziecko kilka dni po porodzie zmarło.
W odpowiedzi na te zarzuty prof. Bogdan Chazan złożył do sądu pracy pozew o przywrócenie na stanowisko. Proces w tej sprawie trwa już prawie pięć lat i nie wyszedł poza mury Sądu Rejonowego dla Miasta Stołecznego Warszawy. Toczy się za zamkniętymi drzwiami, by chronić wrażliwe informacje o pracy prof. Chazana i pacjentach, którymi się w tym czasie zajmował.
– Nie możemy zdradzać szczegółów procesu – powiedział pełnomocnik lekarza Jerzy Kwaśniewski, adwokat i prezes Ordo Iuris.
Jeszcze w 2015 r. prokuratura umorzyła postępowanie karne w tej sprawie. Podstawą do tego miała być opinia biegłych, z której wynikało, że podpisana przez lekarza klauzula sumienia zwalnia go z odpowiedzialności za odmowę wykonania aborcji. W tle tej decyzji śledczych jest brak zapowiadanego zażalenia na decyzję prokuratury. Pełnomocnikiem kobiety był bowiem mec. Marcin Dubieniecki, który w tamtym czasie trafił do aresztu w związku z zarzutami o wyłudzenia dotacji z PFRON.
W tym samym czasie bez kary dla prof. Bogdana Chazana zakończyło się także postępowanie przed rzecznikiem odpowiedzialności zawodowej w Naczelnej Izbie Lekarskiej. Dokumentacja rozrosła się do przeszło 1000 stron i zawierała m.in. opinie rzecznika praw pacjenta, ministra zdrowia i konsultanta krajowego ds. ginekologii i położnictwa.
