Wyrok zapadł 28 listopada 2017 r. (sygn. I OSK 347/16) w następującym stanie faktycznym. We wrześniu 2013 r. Skarb Państwa przejął na własność nieruchomość należącą do spółki jawnej w związku z budową połączenia kolejowego. W czerwcu 2014 r. wojewoda orzekł o ustaleniu na rzecz tej spółki odszkodowania. Spółka złożyła odwołanie od decyzji wojewody zarzucając nieprawidłowe ustalenie kwoty należnego odszkodowania, poprzez niedoliczenie VAT w wysokości 23 proc. Jednak minister infrastruktury i rozwoju decyzją ze stycznia 2015 r. utrzymał w mocy decyzję wojewody. Również skarga spółki do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie została oddalona, więc spółka złożyła skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Zarzucała w niej, że niezasadnie nie jej żądania dotyczącego powiększenia kwoty odszkodowania o VAT, którego skarżąca kasacyjnie jest płatnikiem. W konsekwencji odszkodowanie nie jest odszkodowaniem słusznym i odzwierciedlającym wartość utraconej nieruchomości.
NSA nie podzielił stanowiska spółki. Odwołując się do stanowiska Trybunału Konstytucyjnego wyjaśnił, że nawet całkowite odjęcie własności nie zawsze musi wiązać się z całkowitym pokryciem szkody. W tym bowiem zakresie rekompensata musi odpowiadać kryterium „słuszności", co nie oznacza, że musi być ona „pełna". Odszkodowanie w pełni ekwiwalentne może nie odpowiadać zasadzie słuszności, natomiast odszkodowanie nie w pełni ekwiwalentne może być uznane za odszkodowanie słuszne. Odszkodowanie powinno być równoważne gospodarczo wartości wywłaszczonej nieruchomości. Zasadą jest, że ma ono odpowiadać wartości odebranych praw. W przypadku jednak nieruchomości wartość praw do niej przysługujących jest determinowana wartością nieruchomości. Ustawa o gospodarce nieruchomościami przewiduje ustalenie odszkodowania na podstawie wartości nieruchomości. Odszkodowanie za utraconą własność nieruchomości ma bowiem za zadanie rekompensować wartość utraconego prawa, a nie szkody wskutek wywłaszczenia nieruchomości.
NSA podzielił pogląd, zgodnie z którym ustawa o gospodarce nieruchomościami nie daje podstaw prawnych do ustalenia i wypłaty na rzecz skarżącej kasacyjnie kwoty podatku od towarów i usług, ponad kwotę należnego odszkodowania i podkreślił, że przy wyliczaniu wartości rynkowej nieruchomości, brane są pod uwagę ceny transakcyjne będące efektem wzajemnego oddziaływania na siebie sił popytu i podaży. Rzeczoznawca majątkowy dokonujący wyceny wywłaszczonej nieruchomości nie ustala jej ceny sprzedaży, mogącej stanowić podstawę opodatkowania podatkiem VAT, a jedynie jej wartość rynkową. Stąd, pojęcie wartość rynkowa i cena sprzedaży nie są pojęciami tożsamymi. Następcze zdarzenie w postaci powstania zobowiązania podatkowego nie może rzutować na zasady obowiązujące na etapie ustalania odszkodowania, które są jednolite wobec wszystkich podmiotów wywłaszczonych.
Zaznaczyć trzeba, że odszkodowanie za utraconą własność nieruchomości ma za zadanie zrekompensowanie wartości utraconego przez jej właściciela prawa, a nie zrekompensowanie całości szkody powstałej na skutek wywłaszczenia nieruchomości. Skoro zatem ustalenie wysokości odszkodowania następuje w oparciu o zasady określone w przepisach ustawy o gospodarce nieruchomościami, a przepisy tej ustawy nie przewidują możliwości powiększenia należnego odszkodowania o dodatkowe składniki nieprzewidziane w tej ustawie, w tym również o podatek VAT, to brak jest podstawy prawnej do konstruowania normy prawa materialnego nakładającej taki obowiązek na organ ustalający wysokość odszkodowania. Przyjęcie poglądu, że podatek VAT jest elementem wartości nieruchomości oznaczałoby, że ta sama nieruchomość w zależności od tego kto jest jej właścicielem (płatnik podatku VAT lub nie) mogłaby mieć kilka wartości, choć w istocie jej wartość jest taka sama.
NSA uznał, że wysokość ustalonego na rzecz strony skarżącej kasacyjnie odszkodowania odpowiada wartości utraconego prawa, ustalonej w oparciu o czynniki obiektywne takie jak rynkowa wartość gruntu. Podatek VAT nie jest zaś elementem wartości nieruchomości. Powstanie zobowiązania podatkowego następuje na podstawie odrębnych od ustawy o gospodarce nieruchomościami przepisów i jest zdarzeniem następczym w stosunku do uzyskania odszkodowania za wywłaszczoną nieruchomość. Podatek VAT nie stanowi zatem ustawowo określonej składowej wysokości odszkodowania należnego na podstawie ustawy o gospodarce nieruchomościami. Nie jest także czynnikiem wpływającym na wycenę nieruchomości.