Zegar biologiczny wykształcił się u człowieka w toku ewolucji, a jego działanie jest warunkowane cyklicznym następstwem dnia i nocy.
Zegar biologiczny - hormony usypiają i budzą
Kiedy jest jasno jądro skrzyżowania wydziela substancje hamujące pracę szyszynki. Szyszynka zaczyna działać, gdy wokół zapada mrok - wówczas wydziela tzw. hormon snu, melatoninę, która działa uspokajająco i usypiająco na organizm.
Organizm - zgodnie z zegarem biologicznym - zaczyna wybudzać się między 5 a 7 rano. Zaczyna się to od produkowania hormonów stresu (kortyzon, adrenalina) przez nadnercza, co pobudza krążenie krwi. Do krwi trafia też cukier i aminokwasy. Jednocześnie pracę kończy szyszynka. W efekcie rośnie ciśnienie krwi i temperatura ciała, a człowiek zaczyna się wybudzać.
Zegar biologiczny - głodni w południe, wytrzymali po południu
Około południa żołądek zaczyna intensywniej wydzielać kwasy żołądkowe, w związku z czym rośnie poczucie głodu.
Z kolei po południu zmniejsza się aktywność wątroby, w związku z czym człowiek staje się najmniej wrażliwy na ból. Ok. 16 organizm osiąga szczyt swoich dziennych możliwości - serce i układ krążenia działają wtedy najsprawniej, podobnie jak mięśnie. To najlepszy czas na dużą aktywność fizyczną.