Spór między ministerstwami trwa już trzy lata, czyli od momentu wejścia wżycie nowej ustawy o VAT.
Wcześniej z podobnym problemem borykali się także adwokaci i radcy prawni. W ich wypadku Ministerstwo Sprawiedliwości uznało jednak obowiązek odprowadzania VAT i w 2005 r. zmieniło rozporządzenie określające ich wynagrodzenie, umożliwiając powiększenie go o podatek od towarów i usług. Obecnie taki sam problem jak syndycy mają jeszcze biegli sądowi.
Sądy nie dopracowały się jednolitej linii orzecznictwa w tej sprawie. 20 lutego 2007 r. NSA wydał jednak wyrok, który może przesądzić o dalszych rozstrzygnięciach wojewódzkich sądów administracyjnych (sygn. IFSK1190/05). Zdaniem sądu w rozumieniu ustawy o VAT świadczenie usług nie ogranicza się do czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów, dlatego też syndycy są podatnikami.
Środowisko syndyków nie podziela jednak argumentów przedstawionych w tym wyroku.
- Brak spełnienia podstawowego warunku, to jest samodzielności w prowadzeniu postępowania upadłościowego, oznacza, że syndyk nie może być uznany za podatnika VAT. Wynika to jednoznacznie z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT - mówi Jacek Kalinowski, sekretarz Łódzkiego Stowarzyszenia Syndyków, Likwidatorów i Sanatorów. Dodaje, że syndyk w postępowaniu upadłościowym występuje w podwójnej roli: jako organ tego postępowania oraz jako niekwestionowany kierownik przedsiębiorstwa, które obejmuje zgodnie z postanowieniem sądu. Działa wyłącznie na podstawie przepisów prawa upadłościowego i naprawczego, postanowień i zarządzeń sędziego komisarza i sądu. Z tego wynika bezspornie zarówno zależność, jak i więź łącząca sąd, sędziego komisarza i syndyka.