Pomysł podsunął kompozytorowi wybitny reżyser Konrad Swinarski, który odwiedziwszy go w 1964 r. na wakacjach w Jastrzębiej Górze przywiózł mu sztukę Johna Whitinga „Demony” oraz powieść Aldousa Huxleya „The Devils of Loudun”.
Penderecki długo się zastanawiał, ale trzy lata później podpisał umowę z Operą w Hamburgu. Postawił jednak kilka warunków: reżyserem miał być Swinarski, scenografami – Lidia i Jerzy Skarżyńscy, a w rolach głównych powinni wystąpić Andrzej Hiolski i Bernard Ładysz. Na dyrygenta wyznaczył Henryka Czyża, który z sukcesem poprowadził prawykonanie „Pasji według św. Łukasza”. Jemu też ostatecznie „Diabły z Loudun” zostały dedykowane.
Dyrektor hamburskiej Opery przystał na żądania, ale wyznaczył nieprzekraczalny termin prapremiery — 20 czerwca 1969 r. Nad utworem Krzysztof Penderecki pracował niemal do ostatniej chwili. To była jeden z przyczyn nerwowej atmosfery towarzyszącej próbom.
„Diabły z Loudun” opowiadają autentyczną historię księdza Urbana Grandiera, spalonego na stosie w 1634 r. za rzekome opętanie diabelską mocą zakonnic w klasztorze w Loudun. Proces księdza miał polityczny charakter, ale on sam nie był człowiekiem bez skazy, prowadził dość rozwiązłe życie. Libretto opery, które opracował kompozytor, nie spodobało się Henrykowi Czyżowi. Lubię poświńtuszyć — stwierdził — ale nie lubię tego mieszać z tematyką sakralną. Chciał zrezygnować z przygotowania premiery, ale musiałby zapłacić karę w wysokości 50 tys. marek, co dla artysty z PRL, było wówczas gigantyczną kwotą.
Dyrygenta bulwersowały też reżyserskie pomysły Konrada Swinarskiego. — Na balkonie jakiś irański karzeł albo autentycznie się onanizował, albo bardzo udatnie udawał — wspominał po latach. — Po tym zaś, co Swinarski zaplanował w erotycznej scenie w konfesjonale między księdzem Grandierem a Philippą, zaproponowałem, że może by już lepiej na ołtarzu. Na ołtarzu już było, odparł Swinarski. Robiłem to w „Nie-boskiej komedii”.