Należał do osób stroniących od życia świeckiego elit i dworskich intryg. Żył niemal jak pustelnik. W 1141 r. udał się na pielgrzymkę do Rzymu, w którym panował papież Innocenty II. Pontyfikat Innocentego II trwał 13 lat i był niezwykle burzliwy. Biskup Malachiasz ujrzał stolicę chrześcijaństwa
w stanie upadku moralnego, organizacyjnego, a nawet sanitarnego. Wieczne miasto doświadczyło najazdu wojsk cesarza Lotara III, który chciał usunąć z tronu antypapieża Anakleta II. Dwa lata przed przybyciem Malachiasza papież Innocenty zwołał Sobór Laterański II, który usunął skutki schizmy powstałej na skutek wyboru antypapieża.
Dla irlandzkiego biskupa, który przybył do Rzymu, podróżując przez spustoszoną wojnami Europę, widok stolicy chrześcijaństwa musiał być poruszający. Musiał się utwierdzić w przekonaniu, że historia Wiecznego Miasta zmierza ku apokaliptycznemu końcowi. Także spotkanie ze schorowanym papieżem, będącym już wówczas marionetką dworów Europy Południowej, przekonało Malachiasza, że Stolica Piotrowa chyli się ku upadkowi. Legenda głosi, że w czasie tego pobytu w Rzymie Malachiasz doznał kilku wizji dotyczących przyszłości papiestwa. Nie wiadomo, czy sam pisał swoje proroctwo, czy zrobił to ktoś inny. Nie ma też żadnego dowodu, że proroctwo w ogóle jest dziełem Malachiasza. Jednak jego forma i sposób zapisu od lat intrygują świeckich i duchownych zwolenników autentyczności wizji i jej sceptyków.
Wielu historyków uważa, że Malachiasz nigdy nie przelał na papier opisu swoich ewokacji. Ich ustną wersję przekazywaną z pokolenia na pokolenie miał zapisać dopiero w 1595 r. ojciec Arnoldo de Wion, benedyktyn z klasztoru św. Justyny w Padwie. Inna interpretacja tej historii mówi, że Malachiasz nie tylko spisał swoje proroctwo, lecz także przekazał je bezpośrednio papieżowi, który ukrył je w sekretnych archiwach Watykanu. Po powrocie do Irlandii biskup Malachiasz wykorzystał władzę legata papieskiego i prymasa Irlandii nadaną mu przez Innocentego II i postanowił budować obiekty sakralne na wzór tych, które widział w Rzymie – z kamienia i zaprawy. Do dzisiaj kościoły i klasztory powstałe w czasach biskupa Malachiasza są ozdobą krajobrazu wyspy. Znamienna była też jego przyjaźń z zakonnikiem cysterskim Bernardem de Fontaine, który w 1115 r. został wybrany na opata cysterskiego klasztoru w Clairvaux. Ten niezwykły, zaledwie 25-letni opat stał się centralną postacią ówczesnego świata chrześcijańskiego. Ze względu na wielką spuściznę filozoficzną wieki później nadany mu zostanie przydomek Doktora Miodopłynnego (łac. Doctor Mellifluus). Bernard był bez wątpienia największym mistykiem, uczonym i teologiem XIII w. Z jego zdaniem musieli się liczyć papieże i cała hierarchia kościelna. Był też wizjonerem politycznym. To on ogłosił wezwanie oraz doprowadził do II wyprawy krzyżowej, która zmieniła oblicze Europy i wpłynęła na jej późniejszy radykalny rozwój. Fakt, że Malachiasz przyjaźnił się z wielkim myślicielem z Clairvaux, dowodzi, że musiał być człowiekiem jak na tamte czasy doskonale wykształconym, uczonym w piśmie i znającym języki obce. Był też człowiekiem niezwykle pobożnym. Świadczy o tym korespondencja między opatem Bernardem i biskupem Malachiaszem. Obu przyszłych świętych musiała łączyć silna przyjaźń, na co wskazuje fakt, że Malachiasz, kiedy jechał na drugą pielgrzymkę do Rzymu w 1148 r., najpierw udał się do klasztoru w Clairvaux. Tam dopadła go jednak jakaś tajemnicza choroba. Po kilku dniach zmarł w ramionach opata Bernarda. Poruszony śmiercią przyjaciela i wielkiego chrześcijanina Bernard z Clairvaux napisał na jego cześć „Żywot świętego biskupa Malachiasza", hymn na cześć prymasa Irlandii oraz dwie mowy pogrzebowe.
Pół wieku później, zapewne także pod wpływem cystersów z Clairvaux, papież Klemens III ogłosił biskupa Malachiasza świętym Kościoła Powszechnego.
Kontrowersje wokół proroctwa
Czym jest proroctwo św. Malachiasza? Jak należy je odczytywać i dlaczego ta przepowiednia wzbudziła największe zainteresowanie dopiero w XX w.? Swoje rzymskie ewokacje spisał Malachiasz w postaci kilku wyrazowych określeń przypisanych kolejnym 112 papieżom od czasów Celestyna II. I tu w zasadzie jest pierwszy problem. Część badaczy tej przepowiedni twierdzi, że liczy się ona od Celestyna II, ponieważ Malachiasz, kiedy wręczał tekst przepowiedni Innocentemu II, nie mógł sobie pozwolić na komentarz właśnie trwającego pontyfikatu. Nie wiemy jednak na pewno, czy nie powinniśmy liczyć przepowiedni od Innocentego II.