Aż tak znaczne wydłużenie unijnych granic morskich wynika z niezwykle rozczłonkowanego i pełnego wysp dalmackiego wybrzeża Chorwacji. To właśnie ochrona tego wybrzeża będzie w najbliższych latach testem skuteczności ochrony granic. Dopiero zdanie tego testu może otworzyć przed Chorwacja drogę do Grupy Schengen.
Chorwackie wybrzeże jest też powodem innych kłopotów związanych ze sporami granicznymi pomiędzy dawnymi republikami jugosłowiańskimi. Próbka tego stały się kłopoty z zaledwie 46 kilometrowym wybrzeżem słoweńskim w okolicach portu Koper. Okazuje się, że choć jest to uznane przez sąsiadów wybrzeże słoweńskie to jednak jego posiadanie nie oznacza dostępu do otwartego morza, bowiem wedle twierdzeń Chorwatów ich wody terytorialne stykają się z wodami Włoch w okolicy Triestu.
To bardzo stary konflikt, który istniał już w czasach Austro-Węgier (Słowenia należała wówczas do Cesarstwa Austrii a Chorwacja do Królestwa Węgier). W ramach wspólnego państwa problem nie był krytyczny, podobnie jak później wygaszały go władze w Belgradzie. Po rozpadzie Jugosławii okazało się, że przy wytyczaniu przebiegu granicy pojawiają się problemy. Np. słoweński posiadacz dużego gospodarstwa rolnego domagał się, by jego część leżąca w Chorwacji została uznana za terytorium słoweńskie. W innym miejscu okazało się, że wjazd do bazy wojskowej, która pozostała na terytorium Chorwacji możliwy jest tylko ze strony Słowenii.
Największym problemem pozostała jednak granica morska. Temat ten zawsze był na tyle nośny, że przy okazji każdych wyborów po obu stronach uaktywniali się „obrońcy ojczyzny" organizujący protesty przeciw sąsiadom. Także w czasie rozmów akcesyjnych z Chorwacją Słoweńcy stawiali kandydatom do UE z sąsiedztwa twarde warunki (po wejściu do UE postawili nawet weto opóźniając chorwacka akcesję).
W sprawie spornej granicy morskiej między Lubljana a Zagrzebiem od 1991 r. toczą się rozmowy, ale ostatecznego rozwiązania nadal nie ma. Ostatecznie Słoweńcy w kwietniu zaakceptowali rozszerzenie EU, jednak wcześniej uzgodnili z Chorwatami, że kwestie sporne rozwiązać ma specjalny wspólny trybunał, którego powołanie uzgodnili jeszcze w 2010 r. premierzy Chorwacji Jadranka Kosor i Słowenii Borut Pahor. O tym jak skomplikowane zadanie czeka na sędziów świadczy fakt, że złożone jeszcze w lutym tego roku zastrzeżenia Słoweńców liczą 1100 stron maszynopisu, a chorwacka odpowiedź 3000 stron.
