Zespół ds. Systemu Finansów Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego już w 2009 r. zgłosił problem niepokojących interpretacji i orzeczeń sądów mówiących, że podatnikiem VAT ma być gmina, a nie urząd gminy.
Gmina i jej urząd
Zdaniem KWRiST urząd gminy nie powinien dla potrzeb rozliczania VAT posługiwać się numerem NIP gminy jako osoby prawnej, a w zakresie obowiązków płatnika odrębnym numerem NIP urzędu gminy, gdyż jednostka budżetowa powinna posługiwać się jednym numerem NIP. Takie zasady określa przecież art. 5 ustawy z 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (DzU nr 269, poz. 2681 tekst jedn. z późn. zm.).
Ponadto urząd nie ma możliwości prowadzenia odrębnej ewidencji księgowej dotyczącej rozliczeń VAT dla osoby prawnej oraz dla urzędu obsługującego osobę prawną. Potwierdzają to wszystkie dotychczasowe rozporządzenia ministra finansów normujące zasady rachunkowości i sprawozdawczości budżetowej. Jednostki budżetowe muszą się posługiwać numerem NIP jednostki, a nie osoby prawnej, gdyż podmiotem rachunkowości budżetowej w Polsce jest organ budżetowy, organ podatkowy i jednostka wykonująca budżet, a nie osoba prawna. Wątpliwości dotyczą też zadań zleconych, gdyż samorządy je wykonujące zmuszone zostały do posługiwania się numerem NIP Skarbu Państwa.
Skąd ta różnica
Zamęt w tak istotnych sprawach jak rozliczanie VAT w gminach realizujących projekty z wykorzystaniem środków unijnych może mieć daleko idące konsekwencje. Czy można bowiem prawidłowo rozliczyć wydatek, jeśli nie ma pewności, na kogo ma być wystawiona faktura? Znany jest komunikat Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi z 21 września 2009 r., w którym zmieniło ono podejście do refundacji części kosztów poniesionych przez gminę jako wnioskodawcę działania „Odnowa i rozwój wsi" lub „Podstawowe usługi dla ludności i gospodarki wiejskiej" w ramach PROW 2007 – 2013. W jego świetle, gdy we wniosku o przyznanie pomocy w ramach ww. działań został podany NIP gminy, faktury i dokumenty o równoważnej wartości dowodowej wystawione na urząd gminy mogą być przedstawione do refundacji.
Najgorsze jest jednak to, że jak informuje Danuta Kamińska, członek zespołu ds. systemu finansów publicznych KWRiST, samorządowcy nie doczekali się rozwiązania problemu.