Segregacja
NIK w dziesięciu z 12 skontrolowanych szpitali wykryła szereg błędów w postępowaniu z odpadami medycznymi. Odpadów nie sortowano lub mieszano ze sobą ich różne rodzaje, na workach i pojemnikach brakowało kodów, które określałyby ich rodzaj. Zdarzało się też, że worki były przepełnione, co w efekcie uniemożliwiało ich bezpiecznie zamknięcie.
W pięciu szpitalach nie dotrzymywano wymaganych warunków magazynowania odpadów medycznych. Pomieszczenia magazynowe nie były zabezpieczone przed dostępem osób nieupoważnionych, a także przed dostępem owadów, gryzoni i innych zwierząt, które mogą roznosić zarazki. Magazyny nie miały też wentylacji oraz brakowało w nich wydzielonych boksów na poszczególne rodzaje odpadów medycznych.
Zdaniem NIK wszystkie nieprawidłowości związane z sortowaniem i magazynowaniem odpadów medycznych zagrażały zdrowiu ludzi oraz środowisku.
Ewidencja
Szpitale są zobowiązane do prowadzenia ewidencji odpadów medycznych wytwarzanych i przekazywanych do utylizacji. Połowa skontrolowanych szpitali obowiązkową ewidencję odpadów prowadziła niezgodnie z obowiązującym katalogiem i listą odpadów niebezpiecznych. Co więcej, kontrolerzy wskazali niezgodności pomiędzy ilością odpadów zewidencjonowanych a ilością przekazanych do unieszkodliwienia - w sumie zaniżono ilość odpadów prawie o cztery tony.
W ocenie NIK nierzetelne prowadzenie ewidencji odpadów, może skutkować zawyżaniem masy odpadów przez firmy odbierające, a tym samym kosztów ich unieszkodliwiania, które ponoszą szpitale. Takie działanie w konsekwencji może sprzyjać korupcji. Z kolei przekazywanie niepełnych danych marszałkom województw uniemożliwia im rzetelne prowadzenie bazy danych, niezbędnych do nadzorowania przepływu odpadów, zwłaszcza zakaźnych i niebezpiecznych .