Opłaty ekologiczne, w zależności od źródła wpływu, rozdziela się pomiędzy fundusze ochrony środowiska na różnych szczeblach samorządu i Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Zasady ich podziału określają dokładnie art. 400 – 401 [link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=182400]prawa ochrony środowiska (DzU. z 2006 r. nr 129, poz. 902 ze zm.)[/mail]. Są wątpliwości, czy opłaty za korzystanie ze środowiska powinny też uiszczać ogródki działkowe i poszczególni działkowicze. W 2007 r. jeden z ogrodów działkowych na Podlasiu otrzymał decyzję o nałożeniu opłaty za pobór wody przez kilka ostatnich lat. Miał zapłacić ok. 13,5 tys. zł. Marszałek województwa – który ma kompetencje do wydawania decyzji w takich sprawach – uznał, że Polski Związek Działkowców (PZD) musiał uiszczać opłaty za pobór wód podziemnych.
Działkowcy odwołali się od tej decyzji. Argumentowali, że art. 16 [link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=179035]ustawy o rodzinnych ogrodach działkowych (DzU. z 2005 r. nr 169, poz. 1419 ze zm.)[/mail] oraz analogiczne przepisy z 1981 r. zwalniają związek z podatków i opłat (w tym administracyjnych i skarbowych) w zakresie prowadzenia działalności statutowej, a taką jest bez wątpienia użytkowanie działek, prowadzenie upraw itp., czego nie da się zrobić bez ich nawadniania. Zwolnienia przysługują też zwykłym działkowcom, bo prowadzenie upraw ogrodniczych na działkach nie jest możliwe bez poboru wody. Działkowcy argumentowali też, że ogólny reżim prawny przewidziany w art. 273 prawa ochrony środowiska dotyczący opłat za korzystanie ze środowiska przypomina ten dotyczący podatków. Oznacza to, że działkowcy nie powinni uiszczać tych opłat.
Podlascy sędziowie zaliczyli opłaty za korzystanie ze środowiska do nietypowych, swoistych podatków stanowiących przychód funduszy celowych. Zwłaszcza opłata za pobór wód jest zarówno publicznoprawnym, jaki i nieodpłatnym, przymusowym i bezzwrotnym świadczeniem pieniężnym. Sąd uznał, że prawo ochrony środowiska (obowiązujące od 2001 r.) nie wyeliminowało przewidzianego wcześniej zwolnienia podmiotowego dla PZD i indywidualnych dla działkowców. Co więcej, zwolnienie to zostało wyraźnie przedłużone przez przepisy działkowe z 2005 r. Dlatego – zdaniem sądu – ogródki działkowe i działkowicze cały czas są zwolnieni z opłat za korzystanie ze środowiska i nie muszą płacić za pobór wód. Wyrok nie jest jeszcze prawomocny.