Zgodnie z założeniami kluczowe znaczenie w procedurze kontraktowania świadczeń zdrowotnych miały mieć dwa etapy: rankingowy i negocjacyjny - dzięki nim pacjent miał otrzymywać możliwie najlepsze świadczenie za możliwie najniższą cenę. Kontrola NIK wykazała jednak, że w przypadku lecznictwa szpitalnego oraz lecznictwa specjalistycznego tryb kontraktowania jest obarczony wieloma wadami.
W publicznym lecznictwie szpitalnym, sens kontraktowania wypacza to, że przyznawana na ostatnim etapie procedury cena za punkt rozliczeniowy (miara służąca do rozliczenia oferowanego świadczenia) jest stała i tak naprawdę nienegocjowalna, bez względu na jakość oferty przedstawionej na wcześniejszych etapach postępowania. W efekcie praktycznie wszystkie szpitale publiczne, które zgłosiły oferty, podpisują umowy, a etapy wcześniejsze, np. ranking placówek uwzględniający jakość oferowanych świadczeń, nie mają większego znaczenia.
Z kolei w przypadku ambulatoryjnej opieki specjalistycznej ranking jakościowy (sam w sobie niedoskonały, bo oparty na jakości deklarowanej w ofercie, nie zawsze zgodnej z rzeczywistą jakością placówek), jest przekreślany i kwestionowany na etapie negocjacji, w którym jedynym liczącym się kryterium są ceny procedur, zaproponowane przez świadczeniodawców. Na ich podstawie komisje negocjacyjne ustalają zupełnie nowy ranking i według własnych, zmiennych reguł (często przekazanych przez przełożonego ustnie) arbitralnie przydzielają kontrakty, narzucając warunki i ostateczne ceny. Odmowa podpisania propozycji Funduszu przez świadczeniodawcę jest równoznaczna z rezygnacją z kontraktu. Zdaniem NIK trudno ten sposób postępowania określić mianem negocjacji.
Kumulacja postępowań prowadzonych w ostatnim kwartale roku i konieczność podpisania w ograniczonym, krótkim czasie tysięcy umów ze świadczeniodawcami, powoduje wiele nieprawidłowości, zarówno na etapie oceny ofert, jak i negocjacji, skutkujących niejednokrotnie zawarciem kontraktu z podmiotami, które nie gwarantują odpowiednich warunków realizacji świadczeń.
Najważniejsze niedoskonałości systemu kontraktowania: