Jak podaje Prokuratura - sędzia został oskarżony o udział w zorganizowanej grupie przestępczej co najmniej w okresie od 15 lutego 2013 roku do 16 września 2016 roku.
Na czele grupy stał inny podejrzany w sprawie - Andrzej P. – Dyrektor Sądu Apelacyjnego w Krakowie. W jej skład wchodzili również między innymi Główna Księgowa tego sądu – Marta K., Dyrektor Centrum Zakupów Dla Sądownictwa - Marcin B. oraz przedsiębiorcy, którzy wystawiali na rzecz Sądu Apelacyjnego w Krakowie fikcyjne faktury VAT i inne dokumenty poświadczające rzekome wykonanie zleceń na rzecz tego sądu w celu uzyskania nienależnych środków pieniężnych.
Prokuratura Krajowa podaje, że prokurator oskarżył także Krzysztofa S. o niedopełnienie obowiązków prezesa Sądu Apelacyjnego w Krakowie i przyjmowanie korzyści majątkowych znacznej wartości w kwocie nie mniejszej niż 376 tysięcy 300 złotych (art. 231 par. 1 kodeksu karnego w związku z art. 228 par. 1 i 5 kodeksu karnego w związku z art. 12 kodeksu karnego w związku z art. 65 par. 1 kodeksu karnego). Korzyści te były przyjmowane przez byłego prezesa Sądu Apelacyjnego w Krakowie jako zapłata za realizację rzekomych zamówień na opracowania teoretyczne. Otrzymywał on je w zamian za przychylność dla pozostałych członków zorganizowanej grupy przestępczej oraz brak realizacji obowiązków prezesa sądu i w ten sposób umożliwienie pozostałym podejrzanym przywłaszczenia co najmniej 21 milionów złotych na szkodę Sądu Apelacyjnego w Krakowie.
Krzysztof S. został również oskarżony o pranie brudnych pieniędzy i poświadczania nieprawdy w dokumentach (art. 299 par. 1 i 5 kodeksu karnego w związku z art. 271 par. 1 kodeksu karnego w związku z art. 12 kodeksu karnego w związku z art. 65 par. 1 kodeksu karnego).
Wobec oskarżonego sędziego w dalszym ciągu stosowany jest środek zapobiegawczy w postaci tymczasowego aresztowania.