Rzecznik praw obywatelskich uważa, że jest to niezgodne z ustawą o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych.
Zarządzeniem prezesa NFZ z 31 marca 2008 r. wprowadzono np. ograniczenia w zakresie dostępu do procedur chemioterapii niestandardowej, w dodatku bez określenia kontynuowania tej terapii dla chorych, którzy rozpoczęli już cykl leczenia.
W zarządzeniu w sprawie warunków zawierania i realizacji umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej prezes NFZ określił prawa pacjentów i wymogi stawiane personelowi medycznemu. Ustalono definicję „fizjoterapeuty” i „psychoterapeuty” oraz wprowadzono limity ograniczające czas pobytu na przepustce pacjentów oddziałów i szpitali psychiatrycznych.
Tymczasem zarządzenia nie są źródłami prawa powszechnie obowiązującego. Żaden akt wewnętrzny nie może stanowić podstawy decyzji wobec obywateli, osób prawnych oraz innych podmiotów. Takie akty mogą być wydane tylko na podstawie ustawy i obowiązują tylko jednostki organizacyjne podległe organowi wydającemu dany akt.
Tymczasem zarządzenia prezesa NFZ normują sytuację prawną podmiotów niepodległych mu organizacyjnie. Ich postanowienia, rozstrzygające w istocie o prawach pacjentów i przysługujących im świadczeniach (np. o dostępie do drogich leków w terapiach niestandardowych), pozostają też w kolizji z art. 68 konstytucji.
