Lech Kaczyński przywiązywał ogromną wagę do poprawy stosunków polsko-żydowskich i rozwoju polsko-izraelskich. Podchodził do tego z wielką starannością i empatią. Wychował się w domu, do którego przychodzili zaprzyjaźnieni z rodzicami uratowani z Zagłady i ci, którzy ich ratowali. To były przybrane ciocie, a jedna z nich, asymilowana Żydówka polska, była jego matką chrzestną. W młodości był przekonany, że Żydzi to Polacy, tylko trochę inni.

Z antysemityzmem zetknął się osobiście po raz pierwszy na studiach na Wydziale Prawa Uniwersytetu Warszawskiego podczas wydarzeń marcowych. Uważał je za haniebne i odkąd Fundacja Shalom ufundowała tablicę pamiątkową na Dworcu Gdańskim w Warszawie, przyjeżdżał tam z kwiatami 8 marca jako prezydent Warszawy. Stamtąd na emigrację wyjechali m.in. Lońka Fogelman i Krysia Kacperska, z którymi uczyliśmy się w jednej grupie na wydziale prawa, i nasza profesor socjologii Maria Hirszowicz. Powtarzał, że zmuszenie ich do emigracji i pozbawienie obywatelstwa polskiego było bezprawne. Dlatego starał się po latach, aby procedury potwierdzania obywatelstwa przez wojewodów były proste i szybkie.

Nie miał i nie szukał usprawiedliwienia dla antysemityzmu, zarówno tego z przeszłości, jak i współczesnego. Jego niechęć do endecji, jak mówił, brała się między innymi z tego, że endecja w II RP postawiła na antysemityzm jako element konsolidacji narodowej. Powtarzał, że „antysemityzm, który zatruł umysły niemałej części ludzi, to nieszczęście dla Polski". Myślał podobnie jak Czesław Miłosz, który pytany przez Adama Michnika, skąd się bierze antysemityzm, stwierdził, że „każda odpowiedź na to pytanie byłaby usprawiedliwieniem".