Choć w latach międzywojennych relacje Warszawy z Kownem układały się fatalnie, we wrześniu 1939 roku Litwa nie wystąpiła przeciwko Polsce. Pomimo zachęt i nacisków Berlina jej wojska nie wkroczyły na Wileńszczyznę. Polscy uchodźcy, którym udało się uciec na Litwę, byli zaś przyjmowani z niezwykłą życzliwością.

Stanisław Cat-Mackiewicz, szef konserwatywnego „Słowa", późniejszy premier rządu polskiego na emigracji, pisał o tym w ten sposób: „Gdyśmy rozbici, pobici opuszczali w tym koszmarnym wrześniu 1939 r. Wilno i przyjechali na Litwę, Litwini przyjęli nas nie tylko gościnnie, przyjęli nas całym sercem. Delikatnie, troskliwie, uprzejmie. Rozumiejąc nasz wstyd i upokorzenie, taktownie. Kobiety litewskie wynosiły mleko na drogi, którymi się cofali żołnierze polscy. To tak jak u sąsiada, z którym się jest w niezgodzie, dom się spali i małe dzieci pogorzelca we własny dom się przyjmie".

Sprawiło to, że sowiecka decyzja o oddaniu Wilna Republice Litewskiej przez sporą część mieszkańców miasta została odebrana co najmniej życzliwie. Nastawienie to pogłębiła jeszcze wydana przez władze w Kownie 27 października 1939 roku odezwa do wilnian.

„Przychodzimy bracia nie ciemiężyć, lecz kochać, nie burzyć, lecz budować" – napisano w dokumencie. – „Przychodzimy, niosąc porządek i pracę. Przynosimy prawo i sprawiedliwość. Litwa jest ojczyzną nas wszystkich i my wszyscy jej synowie i córki mamy równe prawa i jednaką jej miłość i szacunek. Nie ma na Litwie zwyczaju prześladować za wiarę i mowę bądź przekonania poszczególnych ludzi".

W świetle wydarzeń, które miały nastąpić w następnych tygodniach, odezwa ta wydaje się wręcz humorystyczna, na razie jednak wielu wilnian przyjmowało ją za dobrą monetę. – Wkroczenie Litwinów wywołało uczucie ulgi. Wcześniej, przez kilka tygodni, miasto znajdowało się bowiem pod okupacją sowiecką – opowiada Emil Karewicz, znany polski aktor, który w 1939 roku mieszkał na wileńskim placu Łukiskim. – Czas krótkiej okupacji bolszewickiej to był prawdziwy koszmar. W naszym mieście zapanowały strach i nędza.

Po pierwsze, mnożyły się aresztowania. NKWD podczas 40 dni panowania w Wilnie zatrzymało kilkuset przedstawicieli polskiej inteligencji. Do ich domów w środku nocy przyjeżdżały czarne limuzyny, a następnie znikali oni bez śladu. Po drugie, władze bolszewickie wykorzystały ten czas na doszczętne ograbienie miasta. Przede wszystkim z produktów żywnościowych, ale również z urządzeń przemysłowych. Na wschód na oczach bezradnych mieszkańców wyjeżdżały długie kolumny sowieckich ciężarówek wyładowanych cennymi dobrami.

– Nie mieliśmy co włożyć do garnka. Sowieci wszystko rozkradli, przed pustymi sklepami ustawiały się gigantyczne kolejki. Po wejściu Litwinów do miasta wróciła żywność. Nagle wszystkiego było w bród – mówi Karewicz. W Wilnie otwarte zostały punkty znanych litewskich państwowych przedsiębiorstw: mlecznego Pienocentras, mięsnego Maistas i zbożowego Lietukis.