Traktat uzgodniony w Lizbonie był ukształtowany pod przemożnym wpływem „Konstytucji dla Europy” opracowanej podczas dwuletnich obrad Konwentu Europejskiego. Ten daleko idący projekt opatrzony prowokacyjnym tytułem, implikującym przyjmowanie cech państwowych przez projekt europejski, został wyraźnie odrzucony w referendach w Holandii i we Francji w 2005 r. i tym samym upadł.
Kluczowe kierunki zmian ustrojowych pozostały jednak na agendzie. Nowy traktat uzgodniony w miejsce odrzuconej konstytucji znacząco wzmacniał rolę Parlamentu Europejskiego (PE), szczególnie w sprawach budżetowych, a także poszerzał stosowanie zwykłej procedury legislacyjnej w oparciu o rewolucyjnie zdefiniowaną większość kwalifikowaną w Radzie UE. To wtedy na scenę wkroczyła – w miejsce Wspólnoty – Unia Europejska z własną osobowością prawną. Aby wzmocnić rolę państw członkowskich Rada Europejska, do tej pory ciało mniej formalne, zyskała rolę traktatową, stałe zaplecze i stałego przewodniczącego. Często nietrwałe przywództwo zaledwie sześciomiesięcznych prezydencji krajowych zostało zastąpione czymś znacznie silniejszym.