W efekcie wszystkie najważniejsze fenomeny moralne: sumienie (szczególnie to domagające się przestrzeni wolności od nakazów prawa stanowionego), wolność wyboru, istnienie niezmiennych praw moralnych opartych na naturze świata zostają zakwestionowane jako nie mające podstaw w empirii. Konsekwencje są zaś opłakane, bowiem jedynym co nam wówczas pozostaje, jest z jednej strony prawo stanowione (zawsze ułomne i podlegające czasowych ograniczeniom, modom czy mitologiom współczesności), a z drugiej prawo ewolucji, które ma wymiar moralny, czyli zasada przetrwania gatunku. Oczywiście do jego przetrwania nie jest konieczna tylko czysta przemoc, ale także empatia czy opiekuńczość, ale nawet te pozytywne cechy wynikają nie z jakiegoś przyrodzonego dobra, a z „interesu", i to nie jednostek, a gatunków czy wręcz całej przyrody.

Jednym z przykładów takiego zjawiska jest książka „Conscience: The Origins of Moral Intuition" Patricii Churchland, jednej z twórczyń neurofilozofii. Jej zdaniem sumienie (przypomnijmy jeden z podstawowych elementów klasycznego rozumienia moralności) jest efektem ewolucji i nie opiera się na jakimś przyrodzonym nam prawie moralnym. Moralność – jej zdaniem – nie pochodzi z kamiennych tablic czy wrodzonych zasad, ale jest „wynalazkiem" Natury, która sprawia, że życie społeczne jest trwalsze i bezpieczniejsze, przez co sprzyja rozwojowi. Sumienie jest zatem jedynie neurobiologiczną zdolnością do przyswajania norm społecznych. Nie ma więc ono nic wspólnego z władzą moralną, rozeznawaniem prawd, a jest jedynie formułą ułatwiającą dziedziczenie.

Dlaczego takie podejście jest śmiertelnie niebezpieczne dla debaty moralnej? Odpowiedź jest prosta. Otóż nie pozostawia ona pola do poważnej debaty moralnej. Jeśli jedynym, co mamy, jest ewolucyjny naturalizm, a jedynym źródłem norm moralnych pozostaje ewolucja, to w istocie nie istnieje możliwość sprzeciwu sumienia, bowiem samo sumienie przestaje istnieć. W efekcie naturalizm prowadzi nas do prymatu zasady przemocy moralnej, uznania, że większość może narzucać opinię mniejszości, a mniejszość, szczególnie jeśli (nie daj Ewolucjo) nie akceptuje dogmatów naturalizmu, będzie zmuszona do przyjęcia tych zasad. W imię oczywiście ewolucyjnego dobra społeczeństwa.

Argumentem zaś za koniecznością przyjęcia takiego rozumienia sumienia będzie... nowoczesna nauka, która rzekomo ma sprzyjać naturalizmowi. A także konieczność oparcia moralności na fundamentach niereligijnych, bezzałożeniowych, takich, które przyjąć może każdy. Kłopot z takim myśleniem jest tylko jeden. Tak się składa, że nie istnieją dowody, że jest ono jedynym możliwym. Nie ma twardych dowodów na to, że jedynym dopuszczalnym założeniem naukowym jest uznanie – jak to ujmuje Julian Baggini, autor „Ateizmu. Bardzo krótkiego wprowadzenia" – że człowiek jest takim samym zwierzęciem jak wszystkie inne i nie ma w nim żadnego elementu duchowego. To założenie, które trzeba przyjąć, dokładnie tak, jak przyjmujemy, że jedynym możliwym wyjaśnieniem rzeczywistości empirycznej jest sama empiria. Nauki szczegółowe muszą przyjąć takie myślenie, bo to jest ich fundamentalne założenie. Nie widać jednak przyczyn, by przyjmować je w filozofii czy tym bardziej w moralności.

Założenie takie, a to jeszcze poważniejszy zarzut, uniemożliwia także odpowiedź na pytanie: dlaczego coś się dzieje, jaki jest tego sens, jakie są prawdziwe źródła człowieczeństwa? Jedyne, co nam zostaje, to odpowiedź na pytanie, jak doszło do pewnych zjawisk i smutna konstatacja, że w istocie nic z tego nie wynika. Ewolucja jest przecież – według naturalistycznej koncepcji – ślepa, nie prowadzi nas do niczego, nie ma sensu. A zatem moralność także nie ma sensu, no chyba, że utwierdzenia wspólnoty dziedziczenia genów, która także jest bez sensu.