Naczelny Sąd Administracyjny w siedmioosobowym składzie podjął uchwałę, że jeśli podmiot korzystający ze środowiska miał na to pozwolenie i wystąpił o następne, ale go nie uzyskał w terminie, trzeba badać przyczynę jego braku. Jeżeli stało się to z winy organu administracji, opłata powinna być taka jak w okresie ważności dotychczasowego pozwolenia (sygnatura akt II OPS 2/11).
O wyjaśnienie wątpliwości wystąpił do NSA rzecznik praw obywatelskich. Podwyższone opłaty są bowiem bardzo dotkliwe. Za brak pozwolenia na wprowadzanie szkodliwych substancji do powietrza, pobór wody i odprowadzanie ścieków do wód lub do ziemi były wyższe o 100 proc. w 2005 r., o 200 proc. w 2007 i 2008 r. i od 2009 r. o 500 proc. od opłaty zwykłej. Nie zwalnia to też z innych sankcji administracyjnych i karnych.
W sądach administracyjnych rozpatrujących takie sprawy ujawniły się jednak rozbieżne poglądy. W wyniku odmiennej wykładni art. 276 ust. 1 ustawy z 2001 r. - Prawo ochrony środowiska w niektórych wyrokach NSA uznawał, że skoro ten przepis nie przewiduje możliwości odstąpienia od obowiązku wniesienia opłat podwyższonych, ustawodawca po prostu tego nie dopuszcza. Nie ma więc żadnych możliwości wartościowania przyczyn korzystania ze środowiska bez wymaganego pozwolenia. Sam ten fakt pociąga za sobą, niejako automatycznie, konieczność poniesienia opłaty podwyższonej.
W innych orzeczeniach zaś NSA stwierdzał, że trzeba brać pod uwagę przyczyny braku pozwolenia oraz ustalać okoliczności, które to spowodowały. Podmioty gospodarcze nie mogą bowiem ponosić odpowiedzialności za brak pozwolenia z powodu zawinionej przez urząd przewlekłości postępowania.
Również rzecznik praw obywatelskich prof. Irena Lipowicz przedstawiła stanowisko, że podmiot korzystający ze środowiska nie może zostać obciążony odpowiedzialnością za niesprawne funkcjonowanie administracji publicznej.
