Stypendium dla wybitnych młodych naukowców to corocznie przyznawane przez ministra nauki i szkolnictwa wyższego wsparcie dla osób wyróżniających się osiągnięciami naukowymi, które nie ukończyły 35. roku życia i są zatrudnione w polskich jednostkach naukowych. Jego celem jest wsparcie prowadzonych badań. Stypendium to jest przyznawane w drodze konkursu na podstawie oceny dotychczasowego dorobku naukowego kandydata, w tym nagród i wyróżnień oraz stopnia, w jakim prowadzone badania stanowią wkład w rozwój danej dyscypliny naukowej. Do 2012 r. przyznano w sumie 568 stypendiów.
Do 2010 r. stypendia te były przyznawane na podstawie ustawy z 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki oraz rozporządzania wykonawczego z 21 września 2007 r.
Ostatnie dwie edycje zostały przeprowadzone w oparciu o zmienione reguły określone nową ustawą z 20 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki. Zgodnie z nowymi przepisami stypendium jest przyznawane przez ministra w drodze decyzji administracyjnej.
Fiskus wyciąga ręce
Przez długi czas kwestia opodatkowania stypendium dla wybitnych młodych naukowców nie budziła większych wątpliwości podatkowych. Izby Skarbowe w wydanych z upoważnienia ministra finansów interpretacjach indywidualnych stwierdzały, że stypendium jest objęte zwolnieniem, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Praktyka ta uległa zmianie w 2011 r., kiedy to pojawiła się seria interpretacji wykluczająca uznanie stypendium wypłacanego na podstawie rozporządzenia z 2007 r. za świadczenie zwolnione z podatku dochodowego. Interpretacja ta została później również zastosowana do stypendiów przyznanych w oparciu o nowe przepisy. W wyniku postępowań odwoławczych zapadły również dwa wyroki WSA, w których uchylono negatywne dla stypendystów interpretacje ministra finansów. Ostatnim akordem walki stypendystów z Ministerstwem Finansów jest oddalenie skargi kasacyjnej złożonej przez ministra finansów przez Naczelny Sąd Administracyjny (sygn. akt II FSK 2617/10). W wyroku tym NSA wskazał, iż stypendia dla młodych wybitnych naukowców przyznane na podstawie rozporządzenia z 2007 r. korzystają ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych.
Zarzuty ministra finansów, nieuwzględnione przez NSA, opierały się na argumentacji, że ten szczególny rodzaj stypendiów nie podlega kryterium zwolnienia podatkowego. Jako podstawę wskazano brak odniesienia w spornym przepisie do wspomnianych regulacji. Stypendium dla wybitnych, według ministra finansów, nie zalicza się do kryterium „innych stypendiów", których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania. Konsekwencją takiej argumentacji było wykluczenie stypendiów młodych naukowców z obszaru stypendiów naukowych objętych przywilejem podatkowym, ponieważ akty prawne, na mocy których zasady ich przyznawania zostały określone, nie są enumeratywnie wskazane w przepisie.