O wysokości opłaty rocznej decyduje bowiem, obok stawki procentowej i ewentualnych bonifikat, wartość gruntu. Stawki są zróżnicowane zależnie od sposobu wykorzystania gruntu.
Stawkę opłaty rocznej ustala się w umowie o oddanie gruntu w użytkowanie wieczyste. Nie można jej zmienić, chyba że zmianie ulegnie sposób użytkowania gruntu. W razie sprzedaży czy darowania nieruchomości nabywcę obowiązuje taka sama stawka i jednakowa opłata roczna jak poprzednika.
Aktualizacja wartości gruntu, czyli jego ponowna wycena (przeszacowanie), jest dopuszczalna nie częściej niż raz w roku i tylko wówczas, gdy wartość nieruchomości ulegnie zmianie.
Właściwy organ, tj. starosta, a gdy chodzi o nieruchomości Skarbu Państwa – wójt, burmistrz, prezydent, zarząd powiatu i województwa w odniesieniu do nieruchomości stanowiących własność tych jednostek, może ją przeprowadzić, ale nie musi. Jest to z reguły operacja kosztowna, przede wszystkim ze względu na konieczność opłacenia rzeczoznawców.
Wiele gmin podejmuje się przeprowadzenia takich zmian raz na kilka lat. To powoduje, że [b]podwyżki opłat rocznych są często bardzo duże, wręcz skokowe, ze względu na to, że ceny gruntów wciąż jednak rosną.[/b] Poza tym zdarza się, iż wyceny przeprowadzone przez rzeczoznawców majątkowych są po prostu zawyżone.