Tworzy podstawy dla ochrony dziedzictwa. Gromadzi i upowszechnia wiedzę o zabytkach, wyznacza standardy ich ochrony i konserwacji oraz kształtuje świadomość społeczną. W obecnej formie funkcjonuje od 2007 roku.
Instytucja prowadzi Krajową Ewidencję Zabytków, tworzy geoprzestrzenną, cyfrową bazę danych o dziedzictwie kulturowym oraz realizuje program weryfikacji rejestru zabytków, wydaje opinie dotyczące ochrony obiektów zabytkowych na rzecz generalnego konserwatora zabytków i wojewódzkich konserwatorów zabytków.
Prowadzi także sprawy związane z wykreśleniem z rejestru zabytków obiektów, które utraciły swoją wartość lub przestały istnieć oraz prowadzi postępowania odwoławcze dotyczące ochrony zabytków archeologicznych.
Ponadto wspomaga służby konserwatorskie w nadzorze nad prawidłowym przebiegiem archeologicznych badań ratowniczych prowadzonych na trasach budowy autostrad i dróg ekspresowych. Wspiera też działania na rzecz zwalczania przestępczości przeciwko zabytkom, w szczególności zabytkom archeologicznym.
KOBiDZ monitoruje stan zachowania dziedzictwa kulturowego oraz ocenia zagrożenia zabytków. Nadzoruje sporządzanie raportów okresowych polskich miejsc wpisanych na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. Koordynuje procedurę składania wniosków o uznanie przez prezydenta RP miejsc i obiektów za pomniki historii.
