Spór o to, co działo się z dokumentami dotyczącymi Wałęsy, rozgorzał po publikacji Pawła Zyzaka „Lech Wałęsa. Idea i historia”. Autor stwierdził w niej, że w latach 90. UOP skonfiskował akta Wałęsy z Włocławka (gdzie miał mieszkać pod koniec lat 50.) i z Łochocina (gdzie pracował od 1961 r.).
Były prezydent napisał w blogu, że dokumenty o nim gromadziła tylko SB i to po to, by mu szkodzić.
Sławomir Cenckiewicz, były pracownik IPN, potwierdza, że w 1982 roku SB kopiowała dokumenty dotyczące Wałęsy i jego rodziny. – Nie ma jednak wątpliwości, że w latach 1992 – 1995 UOP próbował zgromadzić wszelkie dokumenty dotyczące Wałęsy, zapewne również i te z Lipna oraz Łochocina – zaznacza historyk. – Potwierdzeniem tezy Zyzaka jest dokument, na podstawie którego wiadomo, że UOP do 2001 r. dysponował aktami osobowymi z okresu, gdy Wałęsa pracował w Stoczni Gdańskiej.
Chodzi o pismo z 8 grudnia 2001 roku, które do Archiwum Stoczni Gdańskiej skierował Sławomir Grabik pełniący wówczas obowiązki dyrektora Biura Ewidencji i Archiwum UOP. „W załączeniu zwracam odnalezione w zasobie archiwalnym Urzędu Ochrony Państwa akta osobowe byłego pracownika Stoczni Gdańskiej Pana Lecha Wałęsy” – napisał Grabik. Do pisma UOP dołączono akta osobowe nr 61 878. Według Cenckiewicza do stoczniowego archiwum zwrócono wówczas jedynie zdekompletowane kserokopie. Zbigniew Siemiątkowski, który od października 2001 r. stał na czele UOP, nie przypomina sobie zwrotu akt Wałęsy. – Pamiętam jedynie, że były pewne nieprawidłowości w pionie archiwalnym odkryte w związku z procesami lustracyjnymi ówczesnych kandydatów na urząd prezydenta Lecha Wałęsy i Aleksandra Kwaśniewskiego – mówi.
W delegaturze gdańskiej UOP (obecnie Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego) od 1993 roku pracują najstarszy syn Lecha Wałęsy oraz jego synowa. Bogdana Wałęsę przyjęto do służby, choć nie spełniał formalnego warunku posiadania wyższego wykształcenia. W 1998 r. poślubił Małgorzatę Żywicką – funkcjonariuszkę UOP.
