Ludzie „Solidarności” wiedzieli już w latach 80., że Boni podpisał jakąś lojalkę w SB, ale nie sądzili, że faktycznie na nich donosił – twierdzi Władysław Frasyniuk, działacz podziemnej „S”. Wspomina, że z tej „przygody Boniego” wszyscy się wtedy śmiali i nie traktowali jej nazbyt serio.
Inne nastroje panowały jednak 4 czerwca 1992 r., kiedy ówczesny szef MSWiA Antoni Macierewicz realizował uchwałę lustracyjną Sejmu i przekazał władzom parlamentu poufną listę agentów. Obok nazwiska Michał Jan Boni (poseł KLD) widniała adnotacja: tajny współpracownik, kryptonim „Znak”, kontakty z nim SB przerwała dopiero w styczniu 1990 r. Wkrótce po tym, gdy lista zaczęła krążyć po Sejmie, Boniego odwieziono do szpitala. Jedni twierdzili, że z powodu ataku wrzodów żołądka, inni – że zawału serca.
Jeszcze parę dni wcześniej Boni opublikował w „Życiu Warszawy” artykuł, w którym krytykował pomysł ujawnienia agentów, a realizujących go polityków porównał do Robespierre’a i Dzierżyńskiego. Pisał, że Polskę czeka wojna domowa, rewolucja bolszewicka i że złamano prawo „dla wąskich interesów grupowych”.
W czerwcu w kuluarach Sejmu opowiadano, że Boni najpierw się przyznał kolegom z KLD do współpracy z SB, ale szybko się z tego wycofał i zaczął zaprzeczać. Zapowiadał też, że wytoczy Macierewiczowi proces o zniesławienie i utratę zdrowia. Nigdy jednak tego nie zrobił.
Fakt umieszczenia go wśród agentów uznano wówczas za koronny dowód na nierzetelność listy Macierewicza. Pisano protesty. W obronę wzięła Boniego redakcja podziemnego pisma „Wola” oraz Zbigniew Bujak, Zbigniew Janas i Henryk Wujec. Uznali wpisanie go na listę za element walki politycznej. „Odrzucamy to bezpodstawne oskarżenie i jesteśmy przekonani, że zrobi tak każdy, kto miał okazję się z nim zetknąć. To oskarżenie obraża również nas” – napisali w liście opublikowanym w „Gazecie Wyborczej”.
