Jego nominacja na szefa resortu sprawiedliwości wywołała falę krytyki ze strony opozycji. Suchej nitki nie zostawiali na nim posłowie PiS. Alarmowali: jako adwokat bronił ludzi ze świecznika. Nie powinien być ministrem sprawiedliwości.
– Przyznaję, że liczba ataków zaskoczyła mnie – mówił Zbigniew Ćwiąkalski w rozmowie z „Rz”. Myślał nawet, żeby się wycofać, ale premier prosił, by pozostał ministrem.
Ćwiąkalski jest profesorem prawa, wykładowcą uniwersyteckim. Od 1995 r. wykonywał zawód adwokata. I właśnie z powodu swych klientów często był krytykowany. Media wytknęły mu, że bronił biznesmena i byłego senatora Henryka Stokłosy (podejrzanego o korumpowanie urzędników resortu finansów) i pisał opinie prawne, które wykorzystali obrońcy lobbysty Marka Dochnala.
Wynikało z nich, że jeśli lobbysta sam ujawnia fakt wręczania łapówek, to nie powinien być karany za korupcję. Ćwiąkalski przekonywał później, że jego ekspertyza nie odnosiła się do konkretnej osoby, lecz dotyczyła zagadnienia. Ale przekonał niewielu.
Opozycja wytknęła ministrowi także jego inną opinię – w sprawie biznesmena Ryszarda Krauzego (podejrzanego o fałszywe zeznania w sprawie przecieku z akcji CBA), z której wynikało, że zarzuty wobec biznesmena należy umorzyć.