Komisja doszła do wniosku po audycie opublikowanym w kwietniu, że premiera Andreja Babiša dotyczy sprzeczność interesów jako ostatecznego właściciela imperium biznesowego, głównie firm zgrupowanych w Agrofert, które korzystają z unijnych pieniędzy. Komisja stwierdziła w lipcu, że władze tego kraju muszą zwiększyć przejrzystość i zapobiegać takim konfliktom interesów przy rozdzielaniu unijnych środków.

Babiš ciągle podkreślał, że nie naruszył żadnych ustaw, bo przekazał swe aktywa biznesowe dwóm funduszom powierniczym. Zaprzeczał również, by uczestniczył w oszustwach z unijnymi subwencjami.

Publiczna rozgłośnia Czeskie Radio przytoczyła na swym portalu www.irozhlas.cz pismo, w którym dwóch dyrektorów generalnych z Brukseli ostrzegło Pragę, że wypłaty środków na projekty objęte pewnymi programami mogą zostać wstrzymane, jeśli nie dojdzie do wzmocnienia kontroli. Zwrócili się do orgasnów rozdzielających unijne środki o prowadzenie rejestru przedstawicieli władz i firm podlegających ich kontroli. Stwierdzili w tym piśmie, że specjalne zainteresowanie należy wykazać wobec funduszy powierniczych, a ich listę należy przesłać do Brukseli.

Agrofert zrzesza ponad 200 firm, jest jednym z największych pracodawców w rolnictwie, przetwórstwie żywności, produkcji chemikaliów, firm mediowych i innych. Z tego tytułu otrzymywał; kilkadziesiąt milionów euro w ramach bezpośrednich dopłat dla rolnictwa — które nie były sprawdzane przez Unię — a także mniejszych sum na projekty rozwojowe w zakresie innowacji i innych programów.

Pismo Komisji powtarza jej wcześniejsze stanowisko, że czeski rząd nie powinien był występować o wypłaty na projekty związane z Agrofertem i z jego firmami.