Niewystarczające fundusze hamują rozwój średnich i małych portów morskich. Problemem jest także brak pełnej współpracy administracji morskiej i podmiotów zarządzających portami. Rozwiązaniem mogłaby być ich komunalizacja, ale nie są tym zainteresowane gminy. W Polsce funkcjonuje łącznie 27 średnich i małych portów morskich (sześć średnich i 21 małych). Odgrywają one marginalną rolę w porównaniu z dużymi portami. Najwyższa Izba Kontroli sprawdziła, czy i w jaki sposób administracja morska, marszałkowie województw i podmioty zarządzające małymi i średnimi portami prowadzą przyjętą strategię ich rozwoju. Co znalazło się w pokontrolnych wnioskach? Otóż NIK zwraca się do ministra gospodarki i żeglugi śródlądowej o zapewnienie środków finansowych umożliwiających dyrektorom urzędów morskich pełne wykonywanie zadań dotyczących utrzymania infrastruktury dostępowej do średnich i małych portów. Zaleca także zainicjowanie zmian przepisów ustawy o portach i przystaniach morskich, by zwiększyć możliwość pozyskiwania środków finansowych przez podmioty zarządzające takimi portami. Radzi dopuścić prowadzenie przez nie eksploatacyjnej działalności portowej, a także, by wprowadzić możliwości dofinansowania ze środków budżetu państwa utrzymania ich infrastruktury portowej.