Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację nr 144 posła Eugeniusza Kłopotka o opodatkowaniu VAT spółek wodnych i prośbę o jednolite w kraju stosowanie tych przepisów stwierdziło, że generalnej zasady sformułować się nie da. Opodatkowanie każdej takiej spółki trzeba zatem ustalać indywidualnie, analizując jej działalność.
Poseł podkreślił, że źródłem finansowania zadań statutowych spółek wodnych są składki członkowskie, dotacje z budżetu państwa, samorządu terytorialnego oraz inne świadczenia wnoszone przez członków lub ponoszone przez podmioty niebędące członkami, ale odnoszące korzyści ze sprawnych urządzeń melioracyjnych, co zapewniają spółki.
Spółki wodne, jak sugeruje sama nazwa, zajmują się gospodarką wodną. Są organizacjami non profit. Poseł stwierdził, że skoro nie działają dla osiągnięcia zysku, przysługuje im zwolnienie od VAT.
Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację nie było tak kategoryczne. Spółki wodne, jak wyjaśniło, powołują się na prawo wodne, są formami organizacyjnymi, które zrzeszają osoby fizyczne lub prawne i mają na celu zaspokajanie wskazanych tą ustawą potrzeb w dziedzinie gospodarowania wodami. Zaspokajając potrzeby zrzeszonych w nich osób w dziedzinie gospodarowania wodami, spółki wodne mogą podejmować prowadzenie działalności umożliwiającej osiągnięcie zysku netto.
Zysk ten przeznacza się wyłącznie na cele statutowe spółki.