Podatnik traci prawo do odliczenia od podatku rolnego niewykorzystanej kwoty ulgi inwestycyjnej w przypadku sprzedaży obiektów i urządzeń, od których przyznana została ta ulga, lub przeznaczenia tych obiektów na inne cele niż określone w art. 13 ust. 1 ustawy o podatku rolnym).
Zdarza się, że rolnicy korzystający z ulgi inwestycyjnej w podatku rolnym mają problem z ustaleniem czy powinna być ona liczona od kwoty netto (tj. bez VAT) wydatków udokumentowanych rachunkami, czy od kwoty brutto (tj. z VAT).
Na podstawie regulacji unijnych
W poprzednich latach Ministerstwo Finansów stało na stanowisku, że przepisy ustawy o podatku rolnym nie różnicują zasad korzystania z ulgi inwestycyjnej w zależności od tego, czy ubiegający się o nią jest podatnikiem VAT. Z tego względu przyjmowało, że wydatkiem, w rozumieniu przepisów o uldze inwestycyjnej w podatku rolnym, jest także podatek od towarów i usług wliczony w cenę towaru lub usługi (zob. wyjaśnienia Departamentu Podatków i Opłat Lokalnych Ministerstwa Finansów z 21 listopada 2008 r., PL/LS/832/49/KPV/08/388).
Na lata 2014-2020 została uchwalona nowa perspektywa finansowa pomocy w rolnictwie. Z kolei 1 lipca 2014 r. weszło w życie rozporządzenie Komisji (UE) nr 702/2014 z 25 czerwca 2014 r. uznające niektóre kategorie pomocy w sektorach rolnym i leśnym oraz na obszarach wiejskich za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. Urz. UE L 193 z 1 lipca 2014, str. 1). Zgodnie z tymi dokumentami, pomoc w formie ulgi inwestycyjnej jest udzielana na zasadach określonych w art. 14 rozporządzenia Komisji (UE) nr 702/2014, czyli jako pomoc na inwestycje w rzeczowe aktywa trwałe lub wartości niematerialne i prawne w gospodarstwach rolnych powiązane z produkcją podstawową produktów rolnych.
Stosownie do art. 7 ust. 2 rozporządzenia Komisji (UE) nr 702/2014, podatek od wartości dodanej (VAT) nie stanowi wydatku kwalifikowalnego do pomocy, z wyjątkiem przypadków, gdy nie podlega on odzyskaniu na podstawie krajowych przepisów o VAT.
Z tego względu organy podatkowe (a w przypadku podatku rolnego są nimi odpowiednio: wójtowie, burmistrzowie lub prezydenci miast) przyjmują, że gdy podatnik podatku rolnego nie jest podatnikiem VAT, to na zestawieniu poniesionych wydatków inwestycyjnych uwzględnia wynikającą z rachunków (faktur) kwotę z VAT (brutto). Natomiast gdy jest podatnikiem VAT, to kwotę bez VAT (netto) (por. https://bip.wronki.pl/print_content.php?sid=%7C%7Ccms_id=101%7C%7Cctr=c%7C%7Ctr=)