W dokumentach zgromadzonych w Instytucie Pamięci Narodowej nie ma zobowiązania do współpracy - przyznaje zastępca redaktora naczelnego "Wprost" Grzegorz Pawelczyk.
Jednak z zachowanych materiałów wynika, że Nowak chętnie spotykał się ze Służbą Bezpieczeństwa. Był on rozpracowywany w związku z działalnością trockistów skupionych wokół Jerzego Hassa, wybitnego znawcy dziejów masonerii w Polsce. Nowak w swojej biografii wspomina o zatrzymaniu go przez SB w 1964 r. w związku z rozpowszechnianiem listu 34 przeciw cenzurze.
Jednak rozmowa operacyjna odnotowana w aktach IPN miała miejsce dopiero na początku 1970 roku. Właśnie po niej zarejestrowano go jako kontakt operacyjny o pseudonimie Tadeusz. W aktach zachowały się przekazywane przez niego ustnie informacje, m.in. na temat spotkania polsko-węgierskiego w Baranowie. Potem informował też o przygotowywanych zmianach kadrowych w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Nowakowi Służba Bezpieczeństwa zlecała również zadania. Miał między innymi relacjonować wypowiedzi pracowników MSZ i zwracać uwagę na negatywne postawy pracowników resortu oraz Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych.
W czasie kolejnego spotkania, które odbyło się 31 maja 1971 roku, Nowak "wyraził chęć udzielenia pomocy na terenie Budapesztu z racji wykonywania swoich obowiązków służbowych oraz spotkań środowiskowych". Nowak został po tej rozmowie wysłany na Węgry jako II sekretarz polskiej ambasady.
SB opiekowała się Nowakiem na terenie Węgier. Kiedy złożono na niego donos, bronił go agent o pseudonimie Drop. "Odnoszę wrażenie, że inspiratorem tego typu informacji mogą być środowiska syjonistyczne z Polski lub Węgier" -pisał do przełożonych.
