Polowanie na terrorystów rozpoczęło się kilka godzin po opublikowaniu w czwartek po południu portretów podejrzanych o dokonanie zamachu na bostońskiej Boylston Street podczas poniedziałkowego finału maratonu. Podobizny dwóch mężczyzn pochodziły z powiększonych obrazów zarejestrowanych przez kamery przemysłowe w pobliżu miejsca eksplozji, w której zginęły trzy osoby, a ponad 170 zostało rannych.
Pomocy w rozpoznaniu sprawców na opublikowanych przez FBI zdjęciach udzielił jeden z ciężej poszkodowanych. Jeff Bauman, który w wyniku eksplozji stracił obie nogi, po przebudzeniu się z narkozy, poprosił o papier i długopis. Dokładnie opisał człowieka, który stanął z nim twarzą w twarz, po czym rzucił mu pod nogi plecak i uciekł. Agenci FBI potwierdzili, że zeznanie ciężko rannego Baumana „okazały się bardzo pomocne dla zawężenia kręgu poszukiwanych".
Napad pod MIT
W czwartek późnym wieczorem policja została zaalarmowana informacją o napadzie na sklep przy placu Kendall w Cambridge, tuż obok sławnej bostońskiej uczelni Massachusetts Institute of Technology (MIT). Sprawcy napadu otworzyli ogień do policjanta, który pierwszy przyjechał na miejsce napadu. Trafiony kilkoma pociskami funkcjonariusz zginął.
Wkrótce potem dwaj mężczyźni porwali samochód terenowy na stacji benzynowej i zaczęli uciekać w kierunku przedmieścia Bostonu Watertown ścigani przez kilkanaście radiowozów. W czasie ucieczki trwała wymiana ognia między ściganymi a policją; uciekinierzy rzucili też w kierunku pościgu ładunki wybuchowe. W wyniku strzelaniny ciężko ranny został jeden z policjantów oraz mężczyzna oznaczony przez FBI jako „podejrzany nr 1".
Około godz. 1 w nocy został on przewieziony na oddział intensywnej terapii szpitala Beth Israel, gdzie wkrótce zmarł. Przedstawiciel szpitala, dr Richard Wolfe, powiedział dziennikarzom, że na ciele denata stwierdzono liczne obrażenia, niekoniecznie odniesione podczas ucieczki. Rany od odłamków mogą wskazywać, że człowiek ten mógł zostać ranny jeszcze w czasie wybuchu na Boylston Street.