Wykazała to kontrola przeprowadzona w II i III kwartale 2006 r. w39 urzędach miast naprawach powiatu oraz starostw powiatowych w siedmiu województwach, głównie południowych.
Zdaniem kontrolerów nierzetelne ujawnianie gruntów w ewidencji gruntów i budynków prowadzonej przez starostwa doprowadziło do pobierania podatku rolnego zamiast wielokrotnie wyższego podatku od nieruchomości. W skrajnych wypadkach gmina ponosiła straty nawet przez dziesięć lat, ponieważ tyle mógł trwać proces inwestycyjny. Wprawdzie zdarzyło się, że urząd gminy zbyt wcześnie obciążał właściciela podatkiem od nieruchomości - w momencie wyłączenia z produkcji rolnej, podczas gdy powinien z dniem faktycznej zmiany przeznaczenia - ale w porównaniu z przypadkami opieszałego naliczania tego podatku były to sytuacje nieliczne.
Nieprawidłowości związane z jego naliczaniem pomniejszają dochody własne jednostki. Powstają one często podczas wprowadzania do ewidencji gruntów i budynków zmiany oznaczenia gruntu z "R" na "B". W wielu wypadkach mimo zakończenia budowy działki nadal były oznaczone w ewidencji jako rolne. Kontrola NIK wykazała, że wśród 1473 wyłączeń z produkcji rolnej w 1012 nastąpiło prawdopodobieństwo faktycznego wyłączenia, potwierdzone przez organ nadzoru budowlanego, lub zgłoszenia na pozwolenie użytkowania. Jednak w ewidencji gruntów i budynków zmianę oznaczenia z "R" na "B" odnotowano tylko 791 razy. Oznacza to, że w 221 wypadkach nie naliczano podatku od nieruchomości, ale jedynie rolny.
Wydaje się, że dysproporcja między stawkami podatku rolnego a podatku od nieruchomości powinna sprawić, iż gminy zainteresują się aktualizacją danych ewidencyjnych oraz rozwiązaniami legislacyjnymi, które pozwolą uporządkować proces ujawniania wyłączeń gruntów z produkcji rolnej, i zmianą ich oznaczenia w ewidencji.
Podstawowym mankamentem tego procesu jest brak wskazania w ustawie o ochronie gruntów rolnych i leśnych faktycznego momentu rozpoczęcia innego użytkowania. Ustawa nie precyzuje, co oznacza "rozpoczęcie", chociaż z drugiej strony właściciele gruntów muszą ujawnić w ewidencji wszystkie zmiany w ciągu 30 dni od ich powstania. Ale dla jednych jest to moment rozpoczęcia budowy, dla innych - moment rozpoczęcia użytkowania. Zmiany w ewidencji następują też na podstawie prawa geodezyjnego i kartograficznego, dokumentacji z geodezyjnej inwentaryzacji powykonawczej i aktualizacji operatu ewidencyjnego. Ujawnianie zmian następowało zatem na różnych etapach inwestycji: przed, w trakcie lub po jej zakończeniu. W konsekwencji w różnych momentach obciążano właścicieli podatkiem od nieruchomości. NIK podkreśliła w raporcie, że ta dowolność nie tylko wprowadziła bałagan w ewidencji, ale też sprzyja korupcji. Dlatego postuluje nowelizację ustawy o ochronie gruntów rolnych i leśnych oraz prawa geodezyjnego i kartograficznego.
