Za pomysłem tym obstawał Związek Miast Polskich, który chciał wzmocnić kompetencje szefa gminy. Nie udało się, ale nie znaczy to, że kandydaturę skarbnika pozostawiono tylko woli radnych. W jednym z zapisów proponuje się, aby rada powoływała i odwoływała go na wniosek zwierzchnika jednostki. Obecnie należy to do wyłącznej właściwości rady. Ustawodawca stwierdził, że kontrolować finanse jednostki powinien człowiek niezależny od woli organu wykonawczego. Skarbnik może bowiem odmówić złożenia kontrasygnaty, gdy zobowiązania finansowe przekraczają sumy zapisane w budżecie. Dopiero na pisemne polecenie szefa składa kontrasygnatę, ale zawiadamia o tym regionalną izbę obrachunkową, podobnie jak wtedy, gdy zwierzchnik zmusza go do popełnienia przestępstwa lub wykroczenia.
W latach 1993 - 2006 do izb wpłynęły 42 powiadomienia o dokonaniu kontrasygnaty na pisemne polecenie zwierzchnika (w 2006 roku sześć wypadków: dwa w gminach i cztery w powiatach). Okazało się, że skarbnicy nie zawsze mają rację, odmawiając podpisu. W ubiegłym roku RIO uznała, iż w dwóch wypadkach rzeczywiście nie powinni go składać. W jednym starosta dążył do udzielenia pożyczki długoterminowej dla przynoszącej straty SP ZOZ na pokrycie zobowiązań wobec ZUS, ale skarbnik uznał, że nie ma szans na jej zwrot. W czterech wypadkach jednak interpretacja skarbników okazała się błędna i odmowa nieuzasadniona. Na przykład gdy powiat przekazał nieodpłatnie samorządowi województwa instytucję kultury, podpisując niekorzystną umowę, za co odpowiada wyłącznie starosta. Zdaniem Jerzego Urbaniaka, prezesa RIO w Warszawie, skarbnicy czasem nie rozumieją, iż za wykonanie budżetu odpowiada organ wykonawczy, oni zaś mają pilnować, by nie było wydatków bez pokrycia finansowego zapisanego w budżecie.
Uzasadniona odmowa złożenia kontrasygnaty lub złożenie jej na pisemne polecenie grozi szefowi jednostki skierowaniem sprawy do rzecznika dyscypliny finansowej i ewentualną karą finansową. Jednak wielu wójtów, burmistrzów czy prezydentów nic sobie z tego nie robi. W wyniku kontroli gospodarki finansowej prowadzonej przez RIO okazuje się, że wielu z nich w ogóle nie przedkłada skarbnikom umów do kontrasygnaty! Tłumaczą to później np. niedopatrzeniem. Konsekwencje lekceważenia tego obowiązku mogą być poważne. Przede wszystkim samorządowcy muszą sobie zdawać sprawę, że taka umowa nie jest ważna. Przekonał się o tym kilka lat temu pewien wójt, który postanowił nabyć używany gimbus, na który nie zaplanowano pieniędzy w budżecie. Skarbnik złożył kontrasygnatę dopiero na pisemne polecenie. Za złamanie dyscypliny finansów publicznych wójt został ukarany grzywną. W innym przypadku brak kontrasygnaty uratował gminę przed spłatą pożyczki zaciągniętej przez firmę prywatną, a poręczonej przez gminę. Sąd, do którego udał się bank żądający spłaty, orzekł, iż umowa jest nieważna z powodu braku kontrasygnaty skarbnika.
Unikanie podpisu skarbnika lub zmuszanie go do tej czynności (w obawie przed utratą pracy wielu skarbników nie zawiadamia RIO) może doprowadzić jednostkę samorządową do zachwiania płynności finansowej i konieczności wdrażania programu sanacyjnego. Dlatego Krajowa Rada RIO proponowała w swoim czasie, aby skarbnik był pracownikiem izby oddelegowanym do pracy w samorządzie. - Rozwiązanie to nie znalazło uznania w oczach ustawodawcy. Zasugerowaliśmy więc, aby przynajmniej jego odwołanie opiniowała regionalna izba. Bez echa - powiedział prezes RIO w Warszawie.
Próba uzależnienia skarbnika od organu wykonawczego, zapisana w projekcie nowelizacji ustawy o samorządzie gminnym, może doprowadzić do jeszcze większego poluzowania dyscypliny finansowej i w następstwie do przykrych dla gminy konsekwencji.
