W gminie istnieją dwa dominujące ekosystemy. Pierwszy z nich związany jest z dorzeczem Narwi, rozgałęzieniami i odnogami. To rejon mało zmieniony przez człowieka, należący do Narwiańskiego Parku Narodowego. Drugi ekosystem tworzy kompleks wyżej położonych terenów w południowej i wschodniej części gminy.
Spotkać tu można przedstawicieli 203 gatunków – w tym 28 zagrożonych w skali światowej lub europejskiej – ptaków, 34 gatunki ssaków (w tym wydry, bobry, łosie, dziki, jenoty, piżmaki) oraz kilkanaście gatunków ryb. W wodach Narwi i jej odnóg żyją m.in. płocie, szczupaki, jazie, okonie, karasie, leszcze i karpie.
Setki gatunków ptaków
Zachodnia granica gminy Choroszcz biegnie bagienną doliną Narwi i zajmuje część Narwiańskiego Parku Narodowego, który istnieje od 1996 roku. Ma powierzchnię ponad 6810 ha, a powierzchnia otuliny wynosi 15 408 ha. Park wraz z otuliną jest Obszarem Specjalnej Ochrony Ptaków w ramach europejskiej sieci Natura 2000.
Narew – główna atrakcja parku – swą wyjątkowość zawdzięcza nie tylko przyrodniczemu bogactwu. Zakawalifikowano ją do tzw. rzek anastomozujących, czyli warkoczowych. Płynie równocześnie wieloma korytami rozdzielonymi wyspami z roślinnością. Na świecie istnieje tylko kilka takich rozgałęziających się rzek, m.in. Amazonka, Kongo, Odra w okolicach Wrocławia i Narew właśnie. Nic więc dziwnego, że tereny te nazywane są czasem polską Amazonią.
Na tych właśnie rozlewiskach powstała kładka turystyczno-edukacyjna łącząca Śliwno i Waniewo. Ma długość 1050 m i prowadzi nad głównym korytem Narwi, na terenie Narwiańskiego Parku Narodowego. Zbudowana z drewnianych pomostów i łączących je czterech ruchomych elementów na pontonach jest ulubionym miejscem wypraw pieszych i rowerzystów.