Oddziały Wojewódzkie NFZ przeprowadziły łącznie 189 kontroli ordynacji lekarskiej i 395 postępowań kontrolnych w aptekach. Tylko w 49 przypadkach kontroli ordynacji i 127 przypadkach kontroli aptek nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości.
Pozostałe kontrole zakończyły się negatywną oceną podmiotów kontrolowanych lub oceną pozytywną z jednoczesnym wskazaniem uchybień lub nieprawidłowości.
Leki bez diagnozy
Kontrolerom nie podobało się przede wszystkim wystawianie recept niezgodnie z przepisami obowiązującymi w czasie kontroli m.in. nieprawidłowe oznaczenie poziomu odpłatności lub brak oznaczenia poziomu odpłatności. Wskutek tych uchybień apteki wydawały leki ze zniżką, choć nie było wskazań do refundacji. NFZ zakwestionował także ordynowanie leków refundowanych niezgodnie ze wskazaniami refundacyjnymi oraz wystawienie recept na leki refundowane w ilościach przekraczających 3-miesięczne stosowanie. W kilku przypadkach odnotowano wystawienie recept na drukach posiadających numery przyznane innym lekarzom.
Lekarze w wielu przypadkach źle prowadzili dokumentację medyczną, a czasami w ogóle jej nie mieli. Niejednokrotnie brakowało wpisów dotyczących porady ambulatoryjnej, wywiadu lekarskiego, wyników badań diagnostycznych, zaordynowanych leków oraz wystawionych recept. W niektórych przypadkach w dokumentacji brak było nawet diagnozy, rozpoznania choroby, problemu zdrowotnego lub urazu, których dotyczył lek przepisany ze zniżką. Tym samym nie było potwierdzenia zasadności zaordynowania tych leków. Niektórzy lekarze niechlujnie podchodzili również do obowiązku odnotowania ilości przepisanych leków czy sposobu ich dawkowania.
Pozostałe błędy miały charakter formalny - brak numeracji stron oraz danych identyfikujących pacjenta, brak autoryzacji poprawek, brak oznaczenia podmiotu leczniczego, daty porady itp. Czasami dane z receptach były niezgodne z dokumentacją medyczną np. recepta była wystawiona w innym dniu niż data porady, inne było dawkowanie itp.