Działalność konspiracyjna odbywała się w instytucie niemal jawnie. Za wiedzą Rudolfa Weigla, z jego półoficjalnym przyzwoleniem, wreszcie z udziałem uczonego. Jedni wykorzystywali instytut jako bezpieczną skrzynkę kontaktową, inni jako przykrywkę dla pracy w podziemiu, część produkcji szła na potrzeby Armii Krajowej i do gett we Lwowie, w Krakowie i Warszawie. „Ta działalność była niejednokrotnie tak słabo zakamuflowana, że do cudów należy zaliczyć, że jakichś poważniejszych wpadek nie było" – wspominał Marek Zakrzewski.
Pracowali u Weigla ludzie z wszystkich podziemnych organizacji działających we Lwowie, opowiadała preparatorka i działaczka Rady Pomocy Żydom „Żegota" Halina Szymańska-Ogrodzińska: „to było jak arka Noego".
Wśród karmicieli najwięcej było łączników i żołnierzy AK, napisał Andrzej Nespiak. Pracowali niepełną godzinę dziennie, a mieli dokładnie takie same pomarańczowe ausweisy co etatowi strzykacze i preparatorki, spędzający w instytucie po sześć–osiem godzin każdego dnia. Pozostawało mnóstwo czasu „na zajęcia nie całkiem legalne lub całkiem nielegalne", wspominał jeden ze strzykaczy, którego anonimowe wspomnienia przechowywane są w Muzeum Narodowym Ziemi Przemyskiej. „Żadna obława gestapo – a zdarzały się takowe – nie była w stanie ich wyłapać" – dodał Nespiak.
Ale nie brakowało też wśród karmiących wszy specjalistów od tak zwanej legalizacji dokumentów. „Korzystając ze sprzyjających okoliczności, moi koledzy wystawiali najprawdziwsze ausweisy znajomym i nieznajomym Izraelitom, a następnie wyprowadzali ich, uzbrojonych w urzędowe dowody fałszywej tożsamości, z obskurnych murów getta, i to bezczelnie, obok wachy sterczącej u bram tego padołu rozpaczy" – wspominał „fabrykę na św. Mikołaja" Adam Hollanek, po wojnie publicysta i autor powieści popularnonaukowych.
Podczas pracy można było usłyszeć najnowsze informacje z zakazanego przez Niemców radia, podzielić się okupacyjnymi dowcipami, przeczytać gazetki przyniesione przez współpracowników. Konspiracyjne biuletyny były drukowane na cieniutkich bibułkach, żeby w razie wpadki łatwiej było je połknąć.