Zwolnienie było bowiem niezgodne z przepisami dyrektywy.
Tak orzekł NSA 12 października 2011 (I FSK 1483/10).
Spółka od 2005 r. świadczy usługi badawczo-rozwojowe. Początkowo opodatkowywała je VAT według stawki 22 proc., ale w grudniu 2006 skorygowała faktury za okres od stycznia do maja 2005, stosując zwolnienie z VAT. Organy podatkowe zakwestionowały prawo do odliczenia przez nią podatku naliczonego.
We wniosku o interpretację przepisów spółka zadała pytanie, czy miała prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z usługami świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005, gdy stosowała do nich zwolnienie z VAT, i od czerwca do grudnia 2005, kiedy do usług tych doliczała VAT. W jej ocenie art. 43 ust. 1 pkt 1 w związku z poz. 5 załącznika nr 4 ustawy o VAT naruszały w tamtym okresie przepisy VI dyrektywy VAT.
Sporne usługi w świetle VI dyrektywy były opodatkowane, a więc przysługiwało jej prawo do odliczenia. Organ uznał, że skoro usługi te korzystały do 31 grudnia 2005 ze zwolnienia z VAT, spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia.