Pierwszy z nich zakazuje odliczenia VAT naliczonego podatnikom, u których współczynnik sprzedaży opodatkowanej do sprzedaży ogółem nie przekracza 2 proc. (i to nawet tych 2 proc.).
Drugi uniemożliwia korektę podatku naliczonego i odliczenie go w wyższej proporcji, jeżeli współczynnik ostateczny (z końca roku) różni się od wstępnego (z początku roku) nie więcej niż o 2 punkty procentowe. NSA orzekł, że oba te przepisy polskiej ustawy o VAT są niezgodne z przepisami wspólnotowymi, a dokładnie z art. 173 ust. 2 lit. e oraz art. 175 dyrektywy nr 2006/112.
Przepisy unijne nie wprowadzają żadnej możliwości dla państw członkowskich, aby podatnikom, których obroty z działalności opodatkowanej są niewielkie, odebrać prawo do odliczenia podatku w części wynikającej z proporcjonalnego udziału sprzedaży opodatkowanej w wartości sprzedaży ogółem. Przeciwnie, umożliwiają wprowadzenie jedynie takich zasad, które dają podatnikom prawo do odliczenia pełnych kwot podatku naliczonego także wówczas, gdy podatnicy ci wykonują w niewielkim stopniu działalność zwolnioną.
[b]Ustawa o VAT wprowadziła art. 90 ust. 10 pkt 2 przewidujący, że podatnik, u którego udział sprzedaży zwolnionej w łącznej sprzedaży przekracza 98 proc., nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego w ogóle.[/b]
Już WSA w Warszawie zauważył, że dyrektywa UE nie zawiera przepisu, który pozwalałby na przyjęcie, iż w sytuacji, gdy współczynnik kształtuje się na niskim poziomie, czyli podatek do odliczenia jest niewielkiej wartości, podatnikowi w ogóle nie przysługuje prawo do odliczenia. Tymczasem taka właśnie zasada ograniczająca prawo do odliczenia VAT wynika ze wspomnianego art. 90 ust. 10 pkt 2.
– [b]Wyrok NSA potwierdza, że polskie przepisy zabraniające odliczania podatku naliczonego przez podatników prowadzących działalność gospodarczą prawie w całości zwolnioną od VAT, w wypadku których sprzedaż opodatkowana w relacji do sprzedaży zwolnionej nie przekracza 2 proc., nie są zgodne z prawem wspólnotowym [/b]– powiedział „Rz” Tomasz Michalik, partner w spółce MDDP, reprezentujący podatnika przed sądem.