Z punktu widzenia VAT dzierżawca, który wzniósł budynek na dzierżawionym gruncie, jest traktowany tak jak jego właściciel. Zatem w przypadku zakupu zabudowanej nieruchomości przez dzierżawcę po zakończeniu dzierżawy opodatkowana będzie wyłącznie sprzedaż samego gruntu.
Sposób opodatkowania VAT sprzedaży budynków, budowli lub ich części znajduje zastosowanie także do nieruchomości gruntowych, na których obiekty te zostały wzniesione. Zgodnie z art. 29a ust. 8 ustawy o VAT w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu.
Jest to reguła zupełnie odmienna od wynikającej z kodeksu cywilnego, zgodnie z którą w przypadku obrotu zabudowanymi nieruchomościami decydujące znaczenie ma grunt. Pełni on kluczową rolę wobec wszystkich części składowych, do których należą, z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w ustawie, budynki i inne urządzenia trwale z nim związane. Co do zasady dzielą one los prawny gruntu. Właściciel gruntu jest jednocześnie właścicielem usytuowanego na nim budynku, niezależnie od tego, przez kogo został wzniesiony. Schemat ten opiera się na zasadzie „superficies solo cedit", zgodnie z którą wszystko, co jest trwale powiązane z gruntem, stanowi jego część składową i nie może być odrębnym przedmiotem własności.
Natomiast z punktu widzenia VAT kluczowe znaczenie mają naniesienia na gruncie, stanowiące jego części składowe. W takim przypadku nie powinno się mówić o dostawie „gruntu zabudowanego", ale raczej o dostawie budynków i budowli wraz z gruntem, na którym są usytuowane.
W praktyce pojawia się jednak wątpliwość, czy podatkowy status obiektów budowlanych znajduje automatyczne przełożenie na sytuację prawną gruntu, gdy obiekty te zostały wzniesione przez nabywcę z własnych środków bez udziału właściciela nieruchomości (np. w ramach stosunku dzierżawy). Wspomniany art. 29a ust. 8 ustawy o VAT zakazuje wyłączania z podstawy opodatkowania wartości gruntu jedynie w razie dostawy budynków, budowli lub ich części. Z kolei dostawa nieruchomości (z punktu widzenia VAT) nie musi zawsze oznaczać przeniesienia jej własności w ujęciu cywilistycznym. Nie można mówić o dostawie nieruchomości, jeśli dana osoba sama wybudowała nieruchomość i nią włada.
