Muzeum ma stanąć obok gmachu głównego Muzeum Narodowego, naprzeciw pomnika Wyspiańskiego otoczonego postaciami z jego dramatów. Lokalizacja ta wpisuje się w większą całość nowego kwartału muzealnego w Krakowie, w którego skład wejdą: Gmach Główny, budynek dawnego hotelu „Cracovia”, będącyod niedawna jest własnością Muzeum Narodowego i Muzeum Czynu Niepodległościowego przy ul. Oleandry.
- Kraków jest miastem Stanisława Wyspiańskiego – mówi „Rzeczpospolitej” dr hab. Andrzej Betlej, dyrektor Muzeum Narodowego. – Budowa jego muzeum wraca jak leitmotiv we wszystkich dyskusjach na temat panoramy kulturalnej miasta. Stanisław Wyspiański jest przy tym immanentnie związany z naszym muzeum, bo w jego zbiorach znajduje się prawie tysiąc obiektów łączących się z nim. Olbrzymi sukces naszej wystawy „Wyspiański”, którą obejrzało ponad 268 tys. zwiedzających, spowodował, że podjęliśmy decyzję o stworzeniu nowoczesnego, narracyjno-biograficznego muzeum, opartego na naszych zbiorach, a zarazem prezentującego cały jego dorobek: artystyczny, literacki, teatralny.
Dyrektor Betlej przypomina jednocześnie, że już wcześniej pojawiały się w Muzeum Narodowym różnorodne inicjatywy uhonorowania Stanisława Wyspiańskiego, a idea utworzenia jego muzeum wielokrotnie powracała. Niegdyś muzeum miało oddział dedykowany wielkiemu artyście przy ul. Kanoniczej. Potem jego zbiory przeniesiono do Kamienicy Szołayskich. A mało kto pamięta, że stworzona przed wojną Galeria Malarstwa XX wieku także nosiła imię Stanisława Wyspiańskiego.
W 2006 roku Zofia Gołubiew, poprzednia dyrektor krakowskiego Muzeum Narodowego podjęła próbę utworzenia przy gmachu głównym skrzydła mieszczącego Muzeum Stanisława Wyspiańskiego. Nawet powstały wówczas jego pierwsze projekty opracowane przez cenionego krakowskiego architekta Romualda Loeglera. Ostatecznie, głównie z powodów finansowych, nie zostały zrealizowane.
Teraz powstanie budynek liczący 4 tys. m kw., z których ponad połowę zajmie stała wystawa Stanisława Wyspiańskiego. Znajdzie się też w nim miejsce na ekspozycje czasowe i działania edukacyjne.